黑客帝國2于2003年上映。黑客帝國2也被叫做黑客帝國II, 黑客帝國2：重裝上陣, The Matrix Reloaded。

假若明天這場戰爭能夠結束？難道不值得為之戰鬥嗎？難道不值得為之犧牲嗎？當尼奧提出墨菲斯和崔妮蒂以前都問過的問題時，他做出了一個代價很大的決定，他要尋找並接受真相，將他的靈魂從母體中釋放。一切都從「選擇」開始。現在，當人類最後的城市錫安陷入機器軍隊的包圍時，尼奧充分發揮了他的超能力。短短几個小時要把人類最後的領土從25,000個專門摧毀人類的電腦哨兵手中解救出來。不過，墨菲斯的信念鼓舞了錫安的人們，他們相信「救世主」尼奧將實現先知的預言，結束與機器們的戰爭。他們把所有的希望都寄托在尼奧的身上。而尼奧在尋找行動的方向時，發現自己陷入令人煩惱的幻覺之中。為愛情和信念所激勵，尼奧和崔妮蒂選擇了與墨菲斯一起回到母體，運用他們非凡的技巧和裝備，對抗電腦系統的壓制和利用。然而，母體內部存在著強大的力量反對他們的自由抉擇。與此同時存在的還有被母體流放的特工史密斯，因為與尼奧解不開的聯繫迫使他違背系統，導致他被系統刪除。一度被他輕視的「人性」驅使他向尼奧進行無窮無盡的復讎。在進一步了解母體結構的危險旅途中，作為人類命運的關鍵人物，尼奧將遭遇更大的對抗，面對他無論如何都想象不到的，更驚人的真相和更加困難的選擇。在愛情與真相、信念與知識、目的和動機交錯之中，尼奧必須順著自己選擇的方向走下去。「如果我無能為力？」他問，「如果我失敗了呢？」那麼，錫安就會陷落。

出演黑客帝國2的明星有凱莉·安·摩絲, 基努·里維斯, 安東尼·澤布, 莫妮卡·貝魯奇, 雷·安東尼。