震動的警視廳(2003)的海報和劇照

震動的警視廳于2003年上映。震動的警視廳也被叫做名偵探柯南之震動的警視廳。

佐藤警員帶著柯南和少年偵探團的孩子們去進行郵局強盜事件的實地調查途中，想起了3年前的連續爆炸事件。手機里還留有一封從那時開始就無法刪去的郵件。那是中了犯人的圈套，雖然找到最後一顆炸彈的所在卻以身殉職的松田警員。他的最後一封郵件中，除了炸彈的場所，最後還加有一段話，「我很喜歡你」。佐藤警員無法忘記這起事件以及松田警員。
又一次接到炸彈預告電話而趕來調查的白鳥警官也在和高木警員講這件事。「佐藤的心中還念念不忘他，我們贏不了」。今天是11月7日，7年前和3年前發生爆炸事件的日子。結束搜查，獨自一人駕車回家的白鳥警官的車子在佐藤警員和柯南他們的眼前爆炸。柯南猜想歹徒先用預告電話引誘警察們出動，然後伺機在車上安裝了炸彈。白鳥警官看出車內貼著的條子是3年前連續爆炸事件的犯人所發出的，也猜到一打開車門炸彈就會爆炸。但為了早一點把犯人的條子給佐藤看，他還是冒著危險馬上打開了車門。因為他覺得這是幫助佐藤從困擾著她的揮之不去的記憶中解脫出來的好機會。
身負重傷的白鳥親手交到佐藤手上的犯人的字條上寫著：「我是剛球豪打的選手，延長賽開始啦……」酷似3年前連續爆炸事件時收到的犯人的預告函文體。警視廳管轄內的警署也紛紛收到了相同的字條。警視廳根據傳真的字面內容推測炸彈共有2枚，將分別於明日正午及下午3點爆炸，並開始了緊急戒備。
柯南和少年偵探團的孩子們，坐進了佐藤警員和高木警員的車子，與兩名刑警一起推測著炸彈的所在。對於犯人把東京都1200萬居民當作人質來向警察進行報復的行為，柯南和刑警們怒不可遏。但是，查找到的炸彈都是假炸彈，犯人似乎把搜查人員玩弄于掌心。
到了早上，佐藤警員擔心高木警員，借口讓他送柯南他們回家，想讓高木警員遠離搜查現場。佐藤警員決心不再讓親近的人被死神奪走。但是，在車中意識到第一顆炸彈被安裝在東都塔電梯里的柯南，與高木警員急急奔赴現場。在東都塔發生了小型爆炸，電梯中途停頓。在電話里聽說了情況的佐藤意識到，與3年前相同，這是犯人引誘警察的陷阱。佐藤警員命令高木警員在原地待命，但得知有個小女孩被關在電梯里的高木警員不顧佐藤警員的制止，沖向了電梯。高木警員也拚命想保護佐藤警員。小女孩被柯南利用小小的身體救出來了，但他和高木警員卻被困在了電梯里。
正如佐藤警員的推測，這是犯人設下的陷阱。爬上電梯頂部的柯南發現了炸彈。為避免觸動起爆裝置，柯南必須一個人獨立拆除炸彈。炸彈拆除小組送來了解體炸彈的工具，柯南根據指示開始了解體工作。工作進行的很順利，但在將要完成的時候犯人又傳來了信息。第二顆炸彈的所在只有在第一顆炸彈爆炸前3秒鐘時才會通知。柯南已經解開了預告函的暗號，推理出了第二顆炸彈的放置場所。但都內共有400處可能場所，不知道究竟是哪一個。為了確保該處全體人員的生命安全，只有像松田警員一樣，等待爆炸前3秒鐘犯人發來的信息。與松田警員一樣，柯南讓高木警員把自己的推理寫成手機郵件，等待犯人發來的信息。準備一旦判明炸彈場所就把郵件發出去。在這個世上，柯南也有一個最不想失去的重要的人要守護。