雙面女間諜第3季(2003)的海報和劇照
雙面女間諜第3季于2003年上映。雙面女間諜第3季也被叫做雙面女間諜第三季, Alias Season 3。
第一集：重返CIA（The Two）
住在香港一處安全屋的西德妮見到了沃恩，他說兩年前的大火中威爾得以逃生，而她被確認「死亡"。現在的沃恩成了一名老師，受CIA派遣來接西德妮回國。她襲擊了沃恩逃出安全屋，與兩名守衛的CIA特工展開搏鬥，最後還是被沃恩制服。
西德妮在斯塔福德的海軍醫院醒來，見到了迪克松，他現在成了她所在特工小組的負責人。威斯叫走了迪克松，並告訴他特工斯科特-金斯利（Scott Kingsley）拿到了晶元，正在前往阿維尼翁的火車上。迪克松返回后告訴她，承蒙國家安全局高級長官羅伯特-林賽（Robert Lindsey）的允許，一年多來傑克始終獨自一人。
火車到達里昂，一個槍手殺害了金斯利，拿走了晶元。CIA認為，晶元上是一種不易被發現的無人駕駛偵查機的示意圖，可以用來發射生化武器。
西德妮見到了馬歇爾和懷孕的Carrie。她告訴迪克松，自己被關在盟約組織巴黎基地時曾聽說過金斯利的名字，他是最近8個被謀殺的CIA探員之一。林賽堅持要西德妮參加這次行動，她同意了，但提出條件要見父親。
西德妮見到了戴著手銬的傑克，原來他因為違反命令，聯絡CIA第6號通緝要犯愛琳娜而受到指控。他力勸西德妮挽回她在CIA的清譽，並繼續他對她失蹤的調查。他說自己有證據，所以相信她還活著，他還說沃恩不值得她難過。
第二集：繼任（Succession）
柏林，直升飛機吊走了一部電梯，裏面困著兩位CIA特工。看到西德妮沒有被洗腦，傑克很滿意，他勸她不要向CIA承認她殺了Lazarey。威斯幫助西德妮搬進了新家，他告訴她沃恩不願回到CIA。
特工小組得知，前次的綁架事件是一個俄羅斯國家下屬的盟約組織所為，如果他們的要求得不到滿足，就會處死人質。西德妮自願前往慕尼黑一家成人影院接頭。迪克鬆通知她有一個治療小組專門診治失憶的人。傑克對她說，她被火化后沃恩把她的骨灰撒進了大海。
在電影院里，西德妮打開包，裏面赫然是一顆CIA特工的人頭，嘴裏塞著一張紙條，要用薩克交換另一名特工。西德妮反對，但林賽說薩克不再有秘密了，他根據斯隆提供的情報認為他們想殺死薩克。
西德妮去找當了法語教師的沃恩。她想要他重回CIA，沃恩說，得知她的死訊后，他的情緒失控並開始酗酒，但他表示雖然很愛她，卻毫不後悔自己現在的生活。傑克懷疑斯隆與西德妮的失蹤有關，但他否認了。
第三集：重聚（Reunion）
一個火球從天而降，燒毀了莫斯科的Gorky公園。CIA，迪克松解釋說，火球是一個墜落的衛星，差點激發俄羅斯的原子核反應。Echelon系統截獲了薩克和Boris Oransky的對話，後者是製造衛星的法國公司的一名僱員，他和薩克討論了「第二階段"進行。迪克松派人跟蹤薩克。西德妮認為應該逮捕他，但沃恩和勞倫都持反對意見。傑克告訴西德妮NSC掌握了一卷Lazarey被殺時圖像模糊的錄像，並再次告誡她不要承認。傑克和勞倫、馬歇爾一起觀看了錄像，馬歇爾要求72小時把圖像處理得更加清晰。
墨西哥，西德妮喬裝打扮，跟蹤薩克和Oransky來到一家咖啡館。Oransky把照片和密碼交給薩克，還提到了「Medusa"一詞。薩克離去后，西德妮被發現，Oransky趁亂逃走。
西德妮告訴威斯她想起在SD-6的時候聽過Medusa。
第四集：卧底（A Missing Link）
西德妮和傑克看了錄像帶，Lazarey死前說出「Julia"這個名字。
幾個人從法國傳染病實驗室偷走了四瓶埃博拉病毒，其中一人受到感染被抓獲，勞倫和西德妮審問了這個名叫Laszlo Bogdan的人。他說盟約組織準備把病毒進行變異，他們小組的負責人叫Simon Walker，是個心狠手辣的自由殺手，他們還將執行第二次搶劫任務。迪克松決定派西德妮扮成安全專家打入Walker的小組進行跟蹤。沃恩交給西德妮一支偽裝成口紅的追蹤器。在塞維利亞化過裝的西德妮與Walker接上頭，他叫她Julia，並表示十分想念她。見過小組其他成員后，他們要考考她，讓她去偷希臘王妃150克拉的鑽石項鏈，Walker給她七分鐘，西德妮成功完成任務。
在回國的飛機上，沃恩問他「Julia"的事，她沒有回答，接著承認因為勞倫的關係她不能相信他。回到CIA，她考慮承認自己的罪行。
第五集：舊情（Repercussions）
西德妮要傑克激活她放在沃恩身上的傳送器，隨後她闖進Simon Walker的房間，發現他已經把生化武器賣給了薩克，他吻過她后兩人分了手。
威斯找到了沃恩，在醫院里，西德妮告訴勞倫自己是為了救沃恩的命才用刀刺傷他，勞倫十分氣憤。CIA在烏拉爾山找到了向監獄發射生化武器的飛機。他們注意到薩克救走了唯一的倖存者：非洲最大的軍火販子Abasi Bomani。
幾年前斯隆曾告發過Bomani，所以CIA決定從他那裡弄到更多情報。在前往墨西哥城的飛機上，勞倫施壓要西德妮調到另一個區，西德妮不買帳，與她針鋒相對。他們來到斯隆的家卻眼睜睜看著他被薩克和Bomani綁架。怕吃苦頭的斯隆說，他可以讓Bomani的生意合法化。
勞倫為自己的威脅向西德妮道歉。一天夜裡，沃恩夢到了西德妮，她和他纏綿接吻，接著用刀捅了自己，驚醒后看見睡在身邊的人是勞倫。
第六集：復讎（The Nemesis）
斯隆告訴西德妮盟約組織的下一步行動用編碼寫在一個網站的圖片里。西德妮告訴他她永遠不會相信他，傑克也不會當他是朋友。
CIA，迪克松說盟約組織正在尋找可以和俄羅斯發射控制同步的裝置，以便進入核軍工廠。設計裝置的Robert Lang做了易容術出逃，他將在米蘭的一個夜總會從Heinrich Strauss那裡拿到新的身份證明。盟約組織想抓住Lang和裝置。迪克松派西德妮擔任斯隆的上司，她極不情願地同意了。得知艾莉森-多倫還活著，西德妮發誓要親手殺了她。薩克和艾莉森在斯特拉斯堡重續前緣，她解釋說，她和西德妮搏鬥后，盟約組織發現了她，經過半年的康復期她開始為他們工作，她發誓要西德妮為自己留下的傷疤付出代價。
林賽告訴勞倫俄羅斯方面傳來的情報可能導致了Lazarey的被殺，那就是盟約組織在俄羅斯政府里有內奸。他要勞倫嚴守秘密，派她去莫斯科和消息人接頭。勞倫沒有對沃恩說實話，他給了勞倫一個資料庫，裏面是Lazarey的電話記錄，他提議說通過追蹤電話也許能找到凶手。
西德妮化裝成歐洲遊客來到米蘭，沃恩通過她項鏈里的X光相機監看。薩克和艾莉森出現了，Lang拿到了文件，趁艾莉森殺死Strauss時逃跑，最終還是被她攔住，艾莉森殺死他之前拔掉了他的一顆牙齒。西德妮發現屍體，艾莉森把她打暈。
第七集：前兆（Prelude）
西德妮從噩夢中驚醒，拉掉了神秘傷口上稀奇古怪的管子。她向CIA精神專家請教記憶恢復程序，醫生讓她見了Kenneth Blake，他恢復了記憶，結果失去了正常的心智。
墨西哥警方抓住了Simon的男僕Javier，他提供情況說，一個CIA特工被恐怖分子利用，殺害了一位俄羅斯外交官。
CIA，斯隆說出盟約組織要他參加一個中國政府的儀式，為的是偷取數據。中國想在衛星上安裝一個微波激光器，作為暗殺武器，可以讓目標人物好像是自然死亡。他想讓西德妮陪他一起去破壞數據文件。西德妮可以聯絡馬歇爾毀掉主板上的系統。
沃恩和勞倫去墨西哥找Javier談話，傑克建議沃恩阻止這次調查，沃恩不同意，他說勞倫前去是他們最好的機會，可以讓西德妮的秘密不被NSC識穿。西德妮和斯隆扮成情侶出席了北京的舞會。她偷偷裝配了一輛玩具汽車，由馬歇爾遠程控制跟著一名衛兵進入了保安系統。斯隆勸說西德妮和他跳舞作為掩護，馬歇爾關掉了系統。西德妮打了斯隆一記耳光，造成情侶間糾紛的假相。
傑克買通墨西哥警方拘留了沃恩和勞倫，他們獲釋后發現Javier已經死在牢房裡，表面看來像自殺。沃恩警告傑克，如果膽敢再讓妻子身陷危險，一定要殺了他。傑克告訴沃恩，也許現在他才懂得了一個人為了所愛的人會做出妥協。
第八集：逃離魔鬼營（Breaking Point）
西德妮被關進國家安全局一處秘密的禁閉營，受盡拷問。她和另一名犯人Campbell成為了朋友。迪克松因為隱瞞了西德妮的秘密負全責，但林賽釋放了他。勞倫指責沃恩幫助一名逃犯，他說林賽收黑錢，她不相信他的話，和林賽一起去華盛頓觀看西德妮的審問。
沃恩去找傑克，後者告訴他斯隆會幫助他，做得好像是盟約組織試圖營救出西德妮一樣。他們找來8個雇傭兵成立了一個小組，準備從聯邦應急管理局大樓偷出禁閉營的藍圖。
對西德妮所受的拷問，勞倫毫不知情，林賽施壓要她寫出他們對西德妮公平處理的報告。他說他會威脅要西德妮接受記憶恢復手術，強迫她譯解出在羅馬她桌子下面的一條信息。他向勞倫保證這隻是威脅而已。
遭受拷問時西德妮偷了一枚曲別針，勞倫懷疑西德妮遭到毒打，林賽恐嚇她說要告發沃恩協助過西德妮的行為。西德妮用別針打開鎖，殺死了拷打她的人，逃出營地。勞倫親眼目睹警衛毆打西德妮。
傑克和沃恩以300萬的酬勞請來老將Brill出馬。
第九集：夢境（Conscious）
西德妮等一群人躲在倉庫里，商量偽造一個盟約組織幫助她逃跑的計劃：勞倫回去告訴林賽自己從盟約手裡逃出來，但他們還扣著西德妮，要求交換Rambaldi裝置。斯隆將向林賽證實事情的真實性；傑克和沃恩說在調查西德妮的下落。為了更逼真，勞倫需要裝出受到虐待的樣子，西德妮趁機報了仇。
斯隆要西德妮和一位耶魯大學的研究者Edward Brazzel博士聯絡，他發明了一種非攻擊性治療長期健忘症的方法。林賽讓FBI以妨礙聯邦調查為由逮捕了迪克松，他懷疑勞倫的說法，但同意用Rambaldi換回西德妮。
西德妮去了實驗室，看到古里古怪的Brazzel和助手。他相信夢境包含了記憶的內容，通過多種危險藥物，他會讓西德妮的大腦進入了栩栩如生的夢境。一旦進入這種狀態，西德妮就會沿著最後的記憶之線追溯以前的事。
西德妮用藥後進入了混合著過去和現在記憶的夢境。她記起和弗蘭茜搏鬥后，被三個戴面罩的人捉住，他們給她注射了藥物，然後把她帶進了47號房間，勞倫出現了試圖勒死她；記憶倒回到童年，她在切生日蛋糕，後來看到一張陌生男人的臉。
第十集：記憶殘片（Remnants）
西德妮把自己的夢告訴了傑克，她和威爾在她以前的寓所里，有一個穀物盒叫St. Aidan。傑克建議她和作為證人被保護起來的威爾聯絡。Brezzel相信，西德妮失蹤時記憶被抹掉了。
西德妮去了威斯康辛看望威爾，滿腹懷疑的他用槍對準她，她證明了自己的身份，兩人終於擁抱在一起。
斯隆受到林賽的壓力，以50萬的價格達成了在布宜諾斯艾利斯暗殺西德妮的交易。 林賽懷疑傑克和沃恩的誠實，還講西德妮的壞話，被傑克痛打一頓。被關禁閉的傑克建議沃恩為了西德妮，疏遠她。
西德妮告訴威爾，艾莉森-多倫還活著，正在為盟約組織工作。威爾想起St. Aidan是一個老情報聯繫人的代號，安排了在華沙與他見面。與此同時，薩克襲擊了正在實驗室的 Brezzel並給他用了嗎啡。Brezzel透露西德妮準備和威爾聯繫。St. Aidan見到了威爾，原來是Lazarey，他拒絕討論盟約組織的事。西德妮讓威爾說是Julia Thorne讓他來的。薩克突然出現，用麻醉槍擊中Lazarey，西德妮和威爾逃脫。
第十一集：謎底（Full Disclosure）
馬歇爾還沒來得及完成對Rambaldi立方體的分析，就被特別調查部的特工拿走。
西德妮注射了鎮靜劑后被送上飛機，見到了Kendall，他透露自己並非FBI，而是特別調查部的人，盟約組織伏擊他的小組拿到了Rambaldi立方體。他說他知道西德妮失蹤兩年間發生的事，是她要自己保持沉默。Kendall說，被「埋葬"9個月後西德妮逃出了盟約組織之手，從羅馬給他打來電話，說她被神經毒素所麻痹，從一輛卡車的後面目睹了自己的葬禮。拷打她的人Oleg Madrczyk，把西德妮的DNA注入了屍體的牙齒，造成身份被認錯。隨後她被送往聖彼得堡，在那裡被稱作Julia Thorne，而且被洗腦，為了證明自己願意效勞，她殺死了一名盟約的犯人。
Kendall的講述讓西德妮大為驚駭，但他說聖誕計劃訓練使得她免於叛變，她殺死那個人也是為了保護自己，騙過盟約。聯繫上Kendall后，他建議她繼續保持Julia Thorne的身份，以收集情報。西德妮回憶起看到沃恩和勞倫在一起的痛苦，但是為了安全她不能與他相認。西德妮以Julia的身份和Simon Walker搭檔尋找Rambaldi立方體。她得知專家Lazarey就快發現他們想要的手工藝品。盟約命令她一旦Lazarey找到立方體就下手幹掉他。但Kendall要她與之達成協議一同合作，所以她偽造了殺死他的假象。
在返回的飛機上，Kendall表示他相信，西德妮正是Rambaldi的「頭號選擇"，盟約控制她和立方體就是為了實現預言。
第十二集：背叛（Crossings）
朝鮮的監獄里，西德妮和沃恩鎖鏈纏身被帶上火線前激情熱吻。
背景：洛杉磯，CIA得知一個掛假名的國外經紀人帳戶，用密碼在股票名字里編寫了一條情報：一名高級的盟約官員Leonid Lisenker想要叛逃。西德妮和沃恩扮成審計師去朝鮮去接應他。
沃恩打球的晚上，勞倫請西德妮出去吃飯，但他警告她不要和西德妮來往。稍後勞倫與盟約的特工Zisman秘密會面，和他談了暗殺西德妮與沃恩的計劃，勞倫猶豫后通知他他們將在多佛的機場登機，盟約特工給飛行員下了毒。飛機上沃恩的疏遠態度和以後不願再合作的話讓西德妮十分生氣。這時飛行員中毒身亡，飛機失控，西德妮與沃恩設法操縱飛機逃開了導彈追蹤。飛機墜毀后兩人得以逃生並躲開了朝鮮軍隊的搜捕。他們搶了一輛吉普，去接叛逃高官，西德妮承認了與威爾的關係。
傑克懷疑墜機是盟約所為，迪克松不顧違命願意攜小組相助，斯隆主動提出幫忙但傑克拒絕了，他聯繫到愛琳娜，得到指示去西德妮的寓所，在那裡傑克見到了愛琳娜的姐姐Katya，她證實了西德妮活著的消息，表示願意幫忙營救，並提出條件要他幹掉斯隆。
第十三集：死亡木屋（After Six）
CIA，特工小組討論了叛逃盟約的Lisenker那裡得來的情報，他把一張微型磁碟藏在查默尼克斯一間不容易突破的度假木屋中，磁碟上名叫Doleac日程記錄了六個盟約組織的詳細內幕。西德妮和沃恩要裝成鑽石走私犯去雅典，尋求犯罪專家Toni Cummings的幫助，度假屋的保安系統正是他設計的。在傑克的反對下，西德妮讓迪克松把沃恩換成了威斯。
傑克去見斯隆，後者原諒了他Katya事件。斯隆說愛米莉的離去給他留下了做再多善事也難以填補的空白，傑克建議他繼續保持雙重間諜的掩護。西德妮告訴CIA精神病學家Arnett博士，自己無法忘懷「精神伴侶"沃恩。
薩克告訴勞倫他知道她殺了他的父親，還知道她也是盟約特工。他提議他們聯手幹掉六個盟約組織的負責人，偷到各自總部的鑰匙，然後和盟約組織在聖彼得堡的總頭目談判，要求得到更大的權力，否則就把鑰匙交給CIA。
雅典，西德妮和威斯誘使Cummings交出了木屋安保系統的示意圖，但她告訴他們，根本無法通過那些致命的障礙。馬歇爾開始工作。斯隆告訴心理專家，一個關於傑克父女兩人的秘密讓他難以擺脫。
第十四集：泄密（Blowback）
難以入睡的沃恩瞪著父親的表，正停在他遇到西德妮的時候。沃恩離去后，勞倫的電話響起來。在CIA，迪克松給小組下達了新任務：菲律賓的恐怖組織閃劍弄到了一個等離子炸藥的二代炸彈，正在運往歐洲。CIA從溫哥華的一個數字存儲設施跟蹤到閃劍的傳輸。西德妮和沃恩去租下該設施的保管空間，並搜尋船運的詳細檔案。迪克松補充說，小組裡的某人可以把這條情報通知給盟約組織。
西德妮和沃恩扮成天文學家來到設施所在地，偷偷下載了船運情報和等離子炸藥的精確所在。把情報傳給馬歇爾的過程遭到病毒的破壞，沃恩和西德妮也遭到設施工作人員的襲擊，但那人被神秘射殺。兩人駕車追趕，殺手逃脫。回到洛杉磯后馬歇爾告訴他們只收到63%的數據，需要12個小時才能推算出剩餘部分。西德妮記起前一天正是沃恩父親的忌日，勞倫的電話打斷了兩人的談話。
蘇黎世，斯隆向Barnett道歉並請她出去吃飯。她同意了，但「只是出於職業原因"。她認為他從間諜向人道主義者的轉變非常難得，追問他的秘密，惹惱了斯隆，兩人不歡而散。
馬歇爾的文件顯示，炸藥在里斯本的一艘賴比瑞亞貨船上。沃恩和西德妮上船后再次遭到襲擊。
第十五集：假象（Facade）
造彈專家Daniel Ryan炸毀了貝爾法斯特的一家銀行，作為向盟約遞交的一張名片，他的炸彈有「不可能拆除"之名。如果不能在48小時內與盟約達成交易，他將在美國再製造一起爆炸事件，以引起其他恐怖組織的注意。CIA得知盟約將在貝爾法斯特的一家酒吧約見他，他們派出了威斯和西德妮。
假扮成盟約特工的西德妮為了獲取Ryan的信任，假意從前來綁架他的CIA手中救出了他。Ryan在CIA的大樓里醒來，屋內布置得與他將和盟約接頭的酒店客房一模一樣，這個計謀差點敗露，但Lisenker出現為西德妮做了擔保。Ryan接受了協議，並提出細節由薩克負責，他雖然沒見過薩克，但知道他是盟約在北美的負責人。
沃恩裝成薩克到來，Ryan告訴他具體計劃將在一架由羅馬飛往巴黎的航班上，由一個認識他的同夥交給他，只要那個人一見到薩克，第二次爆炸就會取消。CIA匆忙發布了公告，迫使薩克登上那班飛機，沃恩也在飛機上。但是那個同夥沒有出現，也就是說Ryan想讓薩克坐上這班飛機是另有企圖。
第十六集：要脅（Taken）
勞倫的父親Reed參議員來監看薩克受審。他要傑克他們必須問出薩克在盟約內拍檔的身份，勞倫不同意對薩克施刑。
運送薩克去多佛空軍基地的飛機在非洲的沙漠迫降，西德妮和威斯登機后發現飛行員和警衛都凍僵而死，薩克不知去向。薩克綁架了迪克松的兩個孩子，並要求他們在48小時內完成不可能的任務：釋放5名國際罪犯。迪克松要特工們找出內奸。馬歇爾經過分析飛機上的錄音，得知薩克逃跑前與某個「愛人"通過電話。CIA們跟蹤他到了亞利桑納州的諾蓋爾斯。西德妮、沃恩、威斯和迪克松沒找到孩子，反而落入陷阱，險些被炸死。
馬歇爾從美國聯邦航空局的資料庫中發現，薩克的飛機是從瑞士Barnett博士的IP地址被泄露。傑克立即逮捕了斯隆。迪克松回到家后發現孩子安然無恙，盟約現在要求釋放10名犯人。迪克松任命傑克擔任組長，他私下告訴西德妮盟約的條件是假的，他們其實想要一件內華達沙漠里黑洞工事的Rambaldi物品。西德妮同意幫他把東西取回來。
第十七集：石陣（The Frame）
沃恩和西德妮來墨西哥城找尋開啟Rambaldi盒子的鑰匙，他和Kishell聯繫后得知盒子里裝的是生化武器。1941年，兩個蘇聯考古學家發現了「地圖"，一塊被腐飾的水晶透露了鑰匙的所在。兩人起了爭執，最後死在卡魯沙漠。Kishell有盟約頭目Kazari Bomani在那裡拿著水晶的照片，背景是一輛屬於斯隆的人權主義組織Omnifam的卡車，Kishell說盟約把地圖稱作「乘客"。斯隆向西德妮解釋說，CIA強迫他與Bomani做搭檔，為的是接近盟約。他告訴她所有的Omnifam卡車都可以通過GPS跟蹤到。
在餐廳里，沃恩想與勞倫分手，她認為是西德妮的原因，徑直去找薩克，後者要她殺死她的父親，這樣Vaughn就會出於同情回到她身邊。傑克對勞倫產生懷疑，列印出她的電話記錄。在George Reed參議員家，傑克遇到了他的妻子Olivia。傑克向Reed透露勞倫的可疑之處，Reed被激怒了，堅決否認女兒有牽連。
馬歇爾追蹤Omnifam卡車到哈博羅內的俄羅斯領事館。西德妮和沃恩喬裝打扮混進領事館，與薩克和Bomani展開槍戰，並搶走了水晶。在返回的飛機上，沃恩告訴西德妮他和勞倫要分手。馬歇爾無法破譯水晶里數據。西德妮向斯隆求助，多虧他的建議，馬歇爾發現了數據所指的是沖繩島海灘的一個岩石陣。
第十八集：原形畢露（Unveiled）
迪克松要斯隆講出Il Dire如何幫助盟約得到「乘客"。斯隆要求和傑克說話，迪克松表示他的死刑不會延期。
迪克松解釋說，一種在柏林生成的電腦蠕蟲病毒，以醫院、實驗室和大學為攻擊目標，他們相信這是盟約所為。西德妮和沃恩去柏林的Goth夜總會去找一個叫Cypher的黑客，以便知道如何制止病毒肆虐。
在佛羅倫薩，薩克和Bomani用鑰匙打開了Rambaldi盒子，原來盒子是一個精工細做的書寫機器，在一卷羊皮紙上寫出了預言。Bomani把它與病毒收集到的代碼進行比較。薩克從勞倫那裡得知CIA發現了Cypher，Bomani對勞倫的工作表示懷疑。
勞倫告訴身在柏林的沃恩，她會和母親一起去英國把父親的骨灰撒在多佛。西德妮找到了Cypher，可他還沒來得及說話就中了槍，西德妮覺得遠遠看到了勞倫。Cypher死前把裝有蠕蟲源代碼的裝置交給了沃恩。
勞倫搶在Bomani知道她失敗之前告訴薩克，她一定要在CIA複製之前把文件毀掉。斯隆告訴傑克兩年前Reed參議員招他為「信任"工作，這是一個美國政府內部研究Rambaldi的組織，他想讓傑克證明該組織的存在。
柏林的安全屋中西德妮告訴沃恩她看見了勞倫，他大為憤怒。勞倫出現伏在沃恩肩頭哭泣，他注意到她戴著一枚式樣古樸的戒指，她稱來自家傳。西德妮向Reed太太詢問，得到證實。沃恩把Cypher的文件上傳給馬歇爾時，勞倫用戒指動了手腳，馬歇爾告訴他們快閃記憶體的記憶被抹掉了。他認為是它遇到了電磁波，但他能夠重建部分的源代碼，並且發現病毒的目的是為了給盟約收集情報。
第十九集：沙漏（Hourglass）
在尼泊爾的寺廟裡，前來調查「乘客"情報的薩克威脅Rambaldi僧侶Conrad，未獲成功，Olivia Reed出現制服了Conrad，薩克趁機拿到關於「乘客"、名為「複位"的手稿。
傑克在網上和愛琳娜聊天，問到了「乘客"的事時，談話突然被終止。沃恩向西德妮和傑克承認，勞倫是內奸。傑克說沃恩應該獨自處理，所以他同意和勞倫見面的要求。
迪克松收到的情報說盟約綁架了Conrad。在塔爾沙漠，西德妮和沃恩中途攔截了押送隊伍，混戰中Conrad被薩克開槍擊中，臨死前他告訴西德妮「乘客是你姐姐"。
洛杉磯，傑克向西德妮透露，斯隆和愛琳娜有過私情。西德妮去探監，斯隆承認自己到達尼泊爾的寺廟前，從不知道與愛琳娜有個女兒。他拿到了DNA，可是從來沒找到她。現在他想保護她不落到盟約手裡。他請西德妮說服傑克不要隱瞞能證明他無罪的證據，傑克說他沒有。
只有CIA「黑洞計劃"的密鑰能拼成「複位"。傑克設下陷阱，故意讓勞倫知道馬歇爾正準備用密鑰解譯「複位"。她果然中了計。
第二十集：血緣親情（Blood Ties）
傑克告訴西德妮自己救斯隆是因為他得知司法部的部長Marlon Bell也是「信任"組織的人，而且想讓斯隆死。
斯隆透露他發現了Rambaldi原文，裡面包含了一種藥劑的公式，可以讓「乘客"獨闢蹊徑，從Rambaldia得出信息。他制出了藥劑，但是沒有效果。斯隆說如果盟約找到了「乘客"，就會給她服下大劑量的葯，讓她難以活命，所以他只想保護自己的孩子。西德妮問他是如何找到女兒的，斯隆打破了沙漏，露出一個綠色的亮球。
迪克松讓威斯跟蹤勞倫，並建議沃恩繼續留在她身邊以搜集情報，但是勞倫甩掉了威斯。前特工Thomas Brill告訴沃恩，他的父親是一名Rambaldi信徒，當年從克格勃手中解救出還是小女孩的「乘客"，把她藏了起來，最後為了保護她而犧牲。
西德妮拿著綠色的小球，飛往華盛頓特區，這是一枚用在Rambaldi手工藝品上的電池，可以幫助找到「乘客"的下落。「信任"在史密森尼有一處戒備森嚴的冷凍保險庫，藏著Rambaldi手工製品。薩克綁架了並拷打沃恩，想知道「乘客"的所在，勞倫看見后心痛不已，幫助他逃了出來。
西德妮在斯隆和傑克的幫助下混進史密森尼，拿到了Rambaldi製品。
第二十一集：遺贈（Legacy）
斯隆從Nadia手裡拿過紙條，在板上拼成某種圖表。趁他不備，Nadia用針扎了他並毀掉了Rambaldi藥劑，但最終被他制住。他打電話給聯絡人讓他發出更多葯。
CIA截獲了斯隆和聯絡人間的電話，得知藥劑存放在一艘名為Novgorod 21的俄羅斯掩體中，那裡曾經是蘇聯的Rambaldi研究中心。西德妮建議他們通過瓶子安裝跟蹤裝置。
西德妮和沃恩到達后發現掩體被洗劫一空，藥劑也不見了。他們發現錄像文件記錄了Nadia Santos童年時的資料。Katya Derevko帶領俄羅斯衛兵抓住了他們，她透露自己是西德妮的姨母，並幫助他們逃跑。Katya為俄羅斯情報部門SRV工作，在聖彼得堡她彙報說勞倫和薩克拿走了藥劑。原來愛琳娜離開傑克后，在俄羅斯的監獄里生下了Nadia，她年幼的時候還沒完成信息的分析就被沃恩的父親從實驗室帶走了。Katya一直在幫助愛琳娜尋找她的下落，聽說斯隆抓住了她之後她們都十分擔心。
薩克和勞倫把葯發給斯隆以換取合作機會。斯隆很不情願，但還是取出一劑藥用在Nadia身上，以證明她就是「乘客"。
馬歇爾經過分析，告訴西德妮藥液中含有有毒的蛋白質，可以激活記憶，迫使Nadia再想起預言，這種基因記憶只存在於Rambaldi後裔的思想中。他們看了以前的錄像帶，Jong Lee博士給Nadia注射了針劑。迪克松說Lee正是俄羅斯「乘客"實驗的負責人，他現在在古巴一個生化武器基地。
第二十二集：復甦（Resurrection）
西德妮故意在辦公室里到處放的都是手機，從CIA的電腦里下載Rambaldi方程式，然後和薩克取得聯絡，原來她是勞倫假扮的。馬歇爾問話時被她開槍擊中。手機連連爆炸，她趁亂逃跑，沃恩緊追不捨也被打暈。
真正的西德妮受到Hank Foster的雙重特工威脅分析，他相信她正是闖入CIA的人，指派她做文案工作，等待進一步調查。
沃恩告訴傑克他準備對勞倫實施報復。傑克告訴迪克松，讓沃恩審問薩克，增強他心理上的恐懼。沃恩在盤問時大打出手，薩克交待出勞倫的下落。
西德妮給沃恩打電話，憑直覺感到沃恩知道了勞倫在哪兒。沃恩監視到勞倫在一個倉庫里破譯方程式，他拍下照片，然後意外出現痛打了她一頓，正準備用鹽酸毀掉她的相貌前，他被人從後面刺中，倒在地上。
