變蠅人2于1989年上映。變蠅人2也被叫做變蠅人II, The Fly II。

上集中因實驗失事變成蒼蠅的科學家，留下遺腹子，被一個科學研究機關收養。機關主任待他如己出，養父與養子之間感情融洽。但養父其實是把養子當研究對象，同時利用他的頭腦，解答他生父留下的問題：如何把一個物件分解成粒子，傳送到另一個空間去。養父給養子一個高級居室，但暗地裡裝置錄影機，侵犯他的隱私，錄下他與女朋友做愛的經過，並且把他的女友趕走，全面控制他的生命。該青年成長到某年齡，也開始變形。養父早計算到這一步，遂靜觀其變，作為研究。養子終於逃走，他逃走前已找到解救自己的方程式，並把研究計劃的電腦操作軟體用一個暗碼鎖住。養父派人把他抓回來，盤問他的暗碼。已經變成怪物的他進行反擊，把養父的黨徒消滅。最後，他抓了養父一起走進物件分解傳送器，利用養父人類的遺傳密碼把自己變回人，把養父變成怪物。他發動分解傳送器時，打開電腦操作軟體的暗碼原來是一個字：'爹'(DAD)。

出演變蠅人2的明星有傑夫·戈德布拉姆, 吉娜·戴維斯。