新世紀福音戰士劇場版(2003)的海報和劇照

新世紀福音戰士劇場版于2003年上映。

未知的年代，神給世人以天罰——第一次浩劫（First Impact），七日七夜的洪水中只有兩個人乘諾亞方舟活了下來。

1999年，冬月與碇唯在京都大學相識。不久之後，六分儀源堂和冬月相識。當時源堂和唯已經在交往中。源堂一邊接近唯，同時也一邊接觸她背後的組織Seele。

2000年9月13日，第二次浩劫（Second Impact）發生。在南極大陸上發生了一起給地球帶來巨大浩劫的異變，造成海面水位上升、地軸扭曲。如同恐龍滅絕的傳說，巨大的隕石撞擊地球之後灰塵遮蓋天空，造成全球性氣溫下降。經濟崩壞、民族紛爭、內戰……，世界人口急速減少，只剩下原來的一半。南極，成為了寧靜的殘亡地域。人類，並未象恐龍那樣滅絕，但復興的工作，卻無比嚴峻。

2001年，碇真嗣誕生，並且，所有EVA的駕駛員亦在這一年出生。

2002年，源堂和冬月為了調查第二次浩劫的起因前往南極。國聯正式發表公告，稱2000年9月13 日的世界規模的大災害，是由於有超光速數倍的大質量隕石，衝擊南極大陸所引致，其破害性相當於40億年前的地球與小行星的撞擊。但對於造成第二次浩劫的原因，卻無人知曉。現實畢竟難以掩蓋，在專家圈內，流傳著一些保留下來的照片，在衝擊造成的光影中，有一個巨人般的影像。也有在南極等地的倖存者稱，在衝擊波浪的中心，有數對巨大的翅膀。因第二次浩劫受到驚嚇而陷入自閉狀態的美里，被國聯保護。

2003年，國聯完成了對南極的調查，根據調查結果設立了位於箱根的人工進化研究所。冬月首次探訪人工進化研究所，之後開始協助源堂。在人工進化研究所的地下有個廣大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用這個空洞而建造。此時，E計劃始動，零號機也開始建造了。

2004年，進行了EVA啟動實驗，在幼小的真嗣面前，發生了事故，真嗣的母親唯在實驗中消失，拯救計劃失敗。自從唯的事件以後，沒多久，源堂決定轉移實行《人類補完計劃》（在這之前的他們，其目的只是實行E計劃而已）。

2005年，美里和律子在長野縣第2新東京市的第2東京大學內相識，之後加持和美里相識。沒多久，加持和美里開始同居。在地下空洞的上方，第3新東京市開始建設。

2007年，美里和加持分手。

2008年，赤木博士完成了MAGI的基礎理論。跟隨著母親尚子，律子加入研究所，成為主要執行人。

2009年，葛城美里加入研究所。

2010年，NERV的中樞電腦MAGI完成的當日，開發者赤木尚子在掐死第一個綾波麗后自殺。人工進化研究所經過改編，成為了新的秘密組織NERV。

2012年，在參拜母親的陵墓時，真嗣在其父的面前逃離出走。自此以後一直到2015年真嗣都未曾和源堂見過一面。

2014年，第二個綾波麗轉學進入第3 新東京市地壹中學校內。

2015年，使徒襲來！從第二次浩劫后經過了15年，人類總算能重新繁榮來。EVA已有3台可以實際使用了，而後也發現了三位14歲的少男少女可以擔任EVA的駕駛員，人們不得不把未來的希望寄望在他們身上。面對重現的使徒們，肩上背負著人類存亡如此重大命運的少年們的戰爭現在開始了。