密令1949(2005)的海報和劇照
密令1949于2005年上映。
1948年初冬的北平，守城的國民黨108師副師長田子恩接到密命，在北平主要的名勝古迹附近全部開掘出地道或暗室，並提前埋裝炸藥。北平一旦失守，同時引爆。……到時候，共產黨接收的將是一座死城。仁濟醫院的護士林倩如在上夜班路上被一群流氓堵截，關鍵時刻被一名青年周伯勛搭救，林倩如在和周伯勛的交往中對他產生了好感，但周伯勛的行蹤卻顯得十分神秘。林倩如的表弟焦志新是個學建築的大學畢業生，他在老師李正亭的帶領下被關在國民黨憲兵隊嚴格看管的小樓內，正在日夜趕製有關北平的文物建築圖紙，據說為了戰爭一旦爆發可以實施對北平重點文物的保護……
分集劇情
1948年初冬的北平，守城的國民黨108師副師長田子恩接到密命，在北平主要的名勝古迹附近全部開掘出地道或暗室，並提前埋裝炸藥。北平一旦失守，同時引爆。……到時候，共產黨接收的將是一座死城。
仁濟醫院的護士林倩如在上夜班路上被一群流氓堵截，關鍵時刻被一名青年周伯勛搭救，林倩如在和周伯勛的交往中對他產生了好感，但周伯勛的行蹤卻顯得十分神秘。
林倩如的表弟焦志新是個學建築的大學畢業生，他在老師李正亭的帶領下被關在國民黨憲兵隊嚴格看管的小樓內，正在日夜趕製有關北平的文物建築圖紙，據說為了戰爭一旦爆發可以實施對北平重點文物的保護。但李正亭突然從北平地下黨負責人章少川處得知了敵人是以保護文物為名，實際上準備爆破北平歷史名勝古迹的陰謀，他決心將所有繪製的圖紙藏起來。李正亭教授為了保護圖紙不幸受傷被捕犧牲，李正亭在犧牲前將圖紙交給焦志新，焦志新同時遭到追捕躲進表姐林倩如的醫院里，沒想到負責追捕的正是周伯勛，原來他是國民黨108師的副官。
焦志新在危急中將圖紙埋在郊區河邊，他把這一秘密告訴了李正亭教授的好友，古建築專家蘇雲軒。焦志新在離開蘇雲軒家后剛跑出不遠，明晃的車燈照著他的眼睛，一排憲兵站立在他面前，周伯勛坐在憲兵隊吉普車內冷冷地盯著焦志新。兩人默默對視。
焦志新和一群政治犯被押上了刑場，副官周伯勛帶隊執行槍決。周伯勛毫不猶豫地舉槍瞄準焦志新一槍將他擊斃，焦志新裁入大坑內，隨著一陣陣槍聲，十幾名政治犯紛紛倒下……。
林倩如因為受焦志新一案牽連被關進了看守所，周伯勛出面把林倩如保釋出來，林倩如在回家的路上從報上看見焦志新等共產黨員被處決的消息當場昏倒在馬路上，等她醒來的時候發現周伯勛坐在她的床前關心地看著他
當夜下起了瓢潑大雨，奄奄一息的焦志新從昏迷中被雨水澆醒，原來敵人的子彈稍稍射偏了一點，他又第一個倒下，其他人的屍體壓在他身上，所以敵人補射時他也僥倖躲過了。焦志新咬著牙一步步從坑裡爬出去……。
蘇雲軒的大女兒蘇小雅在母親秀子的陪同下突然回國。蘇雲軒早年是個日本留學生，學習建築設計，並娶了個日本妻子秀子，抗戰開始后他帶著小女兒蘇小楓回國，回國后蘇雲軒成立了一個建築設計公司，主要致力於對古建築的修繕。大女兒留在日本繼續上學，因為戰爭的原因，妻子秀子也留在日本沒有隨他回國。蘇小雅根據父親的要求在大學學的也是建築系，蘇雲軒希望她將來能接自己的班。蘇雲軒的小女兒蘇小楓酷愛音樂，是個鋼琴演奏家。蘇小雅和蘇小楓姐妹倆的個性反差極大，姐姐潑辣熱情，妹妹溫柔順和。
焦志新在好心的農民護理下終於死裡逃生又活了過來，焦志新醒來后第一件事情是去尋找他埋放的圖紙，但圖紙已經不在了，他冒著危險找到蘇雲軒尋問圖紙下落，蘇雲軒卻告訴他，他從來沒去取過圖紙。
焦志新一直熱戀著表姐林倩如，他在被捕前發現林倩如愛上了追殺並親手執行槍斃自己的仇人周伯勛，他既感到痛苦又感到憤怒，他決心報仇。他終於打聽到周伯勛要去參加一次在東交民巷舉行的社交活動，他決定下手，當周伯勛在巷口下車朝里走來時，焦志新突然從電線杆背後閃出，用準備好的尖刀朝周伯勛的後背猛刺過去，周伯勛似乎感覺到有人，身子一閃刀子扎進後背，周伯勛在轉身同時拔出槍對準焦志新，焦志新已經來不及拔槍，周伯勛用槍頂著焦志新的腦袋。兩人對視——。四周響起一片警笛聲。
焦志新被警察前堵后追難以脫身，情急之中他翻牆滾入了一個後花園里。美國大使館正在那裡舉辦酒會，秀子和蘇小雅也來參加社交活動，蘇小雅吃驚地看到焦志新一瘸一拐地沿著走廊奔過來。身後傳來追趕的聲音，蘇小雅一把拽住他將他推入一間小屋內。在蘇小雅的掩護下，焦志新順利逃脫了警察的追捕。
焦志新的行為受到章少川的嚴厲批評，地下黨負責人章少川批評他的刺殺行動差點給
地下組織造成巨大的損失，果然，第二天全城戒嚴進行大搜捕，章少川安排交通員連夜將焦志新送往解放區參加華北野戰軍。
林倩如得知周伯勛被刺的消息后趕到醫院並精心護理他，當周伯勛傷愈后，改名馮秉堃並決定離開國民黨軍隊。林倩如決定嫁給已經改名換姓的馮秉堃。
不知為什麼蘇雲軒和秀子的關係變得越來越緊張，一天，兩人之間終於爆發了激烈的爭吵，北平解放前夕，秀子決定離開北平獨自回日本，但她乘飛機到上海準備坐船回國時，輪船在吳淞口外發生事故，船沉入大海中，船上所有人都遇難了。蘇小雅得知消息后趕到上海，在遇難者名單中見到了母親的名字。
蘇雲軒沒想到秀子竟會遭遇海難也感到十分意外，蘇小雅大罵父親太狠心把母親趕走，連蘇小楓也覺得父親對母親太冷淡。因為秀子是意外死亡，因此葬禮並沒有更多的人參加，甚至連秀子家都沒有來人，除了蘇雲軒和他的兩個女兒外，只有蘇雲軒的美國朋友馬約翰神父參加了葬禮。
1950年，北平已經和平解放。公安部決定從全國部隊抽調一批骨幹充實幹部隊伍，擔任華北軍區某部偵察參謀的焦志新接到命令去北京市公安局偵查處報到，
焦志新回到北京立即去公安局報到，原來章少川當上了北京市公安局副局長，他告訴焦志新北京和平解放，因此留下了大量殘餘敵特，既有國民黨軍官、憲兵、特務也有外國間諜，為了保衛新生的紅色政權，保衛首都的安全，除奸反特的任務十分艱巨。
焦志新回北京後到處尋找林倩如，但原先林倩如居住的小樓已經拆除改建。一天，焦志新在在穿行街道的人群中有一張熟悉的臉，他一下子認出是周伯勛。雖然他改了髮型並戴上了眼鏡但焦志新仍然認出了他。焦志新急忙回身穿過馬路去追，卻發現周伯勛已經消失在人群中了。焦志新回來后找到章少川報告此事，章少川卻告訴他肯定是看花眼了，周伯勛兩年前被他刺傷后，傷口感染不治而死，當時還見了報紙。焦志新卻將信將疑。他特意去查了當年的報紙，果然查到108師稽查處長周伯勛遇刺身亡的消息。
馮秉堃在北平解放后的行蹤顯得愈加神秘，有一次他突然離家失蹤了好幾天，林倩如十分著急，聽醫院的同事說最近社會上出現綁架事件，林倩如決定去公安局報案，沒想到她在公安局的院子里竟意外遇到了焦志新。她才知道焦志新沒有被打死又當上了公安幹部。
當焦志新得知林倩如已經結婚時雖然感到意外和痛苦，但他絲毫沒有責怪林倩如，因為他當時已經「犧牲」，林倩如還為了他而遭受了不少驚嚇。但當焦志新發現林倩如丈夫是周伯勛時十分吃驚。焦志新不得不告訴林倩如當年負責抓捕並開槍將自己槍決的凶手就是周伯勛。林倩如根本不信，她認為焦志新肯定是認錯人了。
但不久以後，林倩如在整理馮秉堃的衣服時無意中在馮的大衣口袋裡發現了一張從香港到廣州的車票林倩如一下愣住了。接著她又發現了馮秉堃在購買的醫療器械中夾雜著電台的零件，尤其她發現馮秉堃經常神秘外出，並用顯影藥水偷看信件……
林倩如經過激烈的思想鬥爭決定去公安局找焦志新，焦志新正在開會，專案組長劉祥春安排鄭賢治出面接待林倩如。但鄭賢治恰好是打入我公安局內部的特務(代號「黑蛇」)。鄭賢治認為林倩如因為太緊張產生了幻覺。焦志新得知林倩如對馮秉堃產生懷疑后，更加堅定了自己的判斷，他幾次想約林倩如以證實馮秉堃就是周伯勛。特務組織知道林倩如向公安局舉報馮秉堃以後，命令馮秉堃立即用毒藥將林倩如毒死。
馮秉堃想採用別的方式將林倩如送到外地去，但特務組織頭子侯天柱告訴他，這是考驗他是否對黨國忠誠，馮秉堃終於決定執行命令。林倩如的突然死亡使焦志新與馮秉堃的關係更加緊張，兩人都認為是對方逼死了林倩如。
燕京大學教授史庄生和蘇雲軒是世交，史庄生的兒子史仲良現就在蘇雲軒公司擔任總經理助理，他熱戀上了蘇小雅，蘇小雅在偶然的一次機會重逢了當年曾救過的焦志新，蘇小雅自從見到焦志新以後，對史仲良的態度卻變得若即若離。焦志新在與蘇小雅多次接觸后對她也產生了好感，但因為史仲良與蘇小雅訂婚在先，因此堅持要將女兒嫁給史仲良。尤其當他得知蘇小雅愛上的是個公安人員，並認出焦志新之後，更堅決反對女兒與焦志新繼續來往。
未料，史仲良在結婚前突然失蹤，同時還丟失了一台收發報機。幾天後，史仲良的屍體在教堂附近的小樹林中發現。史仲良是個天主教徒，在結婚前一天曾去教堂祈禱，因此神父馬約翰成了主要嫌疑犯。但蘇雲軒卻出面保了馬約翰認為他不可能是凶手。
北京市區內發現了敵人的電台，根據截獲的電報破譯：敵人將在國慶節期間實施代號為「黑蟒行動」的爆炸計劃，以達到破壞和造成政治影響的目的。但具體計劃內容和爆炸地點至今毫無消息。眼看離開國慶節只剩二十來天時間，公安部下達了限期破案，務必將敵人全部捉拿歸案的命令。
蘇小楓的男朋友楊鐵君是個無線電專家，他能過自己研製的信號跟蹤儀發現了可疑電波，但他追蹤時卻被人打昏，他醒來發現自己被綁在一間小屋裡，而進來審訊他的竟是蘇小雅。
原來蘇小雅的母親秀子一家都是日本的極右分子，抗戰爆發后秀子一家都積極鼓吹大東亞共榮圈，並逼著蘇雲軒表態支持日本侵華。蘇雲軒才下決心離開日本回國，本來他想把兩個女兒都帶走，但秀子家不同意，他只好先帶著小楓回國。蘇小雅從小受母親的影響，最後加入了日本的間諜組織。兩年前秀子帶著小雅回來，秀子的主要任務就是為了動員蘇雲軒參加日本的間諜組織，並給他送來了委任狀，但蘇雲軒堅決拒絕參加任何特務組織，所以夫妻關係變得十分緊張。秀子臨死前就是為這件事和他大吵一架，覺得沒有完成任務無法回去交差，才下決心自殺，同時用這種方式向他表示抗議。秀子死後蘇小雅為了繼承母親的事業死心塌地的成了一名特務。
史仲良就是因為發現了蘇小雅的特務行動很難過，蘇小雅答應跟他去教堂懺悔，在路上將他殺害后埋在教堂樹林里的。
蘇小雅的父親蘇雲軒表面上不問政治，待人冷淡，其實他抗戰時期就利用自己的各種關係為八路軍購買各種禁運物資。他發現秀子偷盜了圖紙后，悄悄用假圖紙換走了國民黨特務急需的圖紙並將其主要數據用暗號記錄在自己的小本子上，但秀子死後，他不斷接到恐嚇，如果他揭露真相併幫助公安人員，特務將會加害全家，蘇雲軒為了保護兩個女兒才一直猶豫，他所以反對女兒和焦志新來往，也是考慮到秀子的特殊原因怕會連累焦志新。經過鬥爭，他還是決定配合公安人員根據他當年所記錄的數據，重新繪製出北京重點古建築的結構，為公安人員尋找有關的地道、暗室提供資料。
蘇小雅在偷偷拍攝蘇雲軒的圖紙時被父親發現，為了完成計劃，她不惜對準父親開槍。原來她就是美國中央情報局派遣的代號為「大少爺」的「黑蟒行動」主要執行人。她的唯一上級是代號為「毒蝎」的負責人，但「毒蝎」只和佐藤單線聯繫，連蘇小雅幾次要求見面都沒同意。蘇小雅根據「毒蝎」命令，組織美國中央情報局和國民黨軍統特務組織準備啟動「黑蟒行動」。
隨著時間的推移，破案工作越來越艱巨。每當我方準備採取行動時敵方總是搶先一步，有時甚至將準備向我方提供情報的人員秘密殺害。在一次執行任務時公安人員杜慶元又遭鄭賢治暗殺，章少川早就懷疑我方有內奸，根據內部掌握的資料已經開始懷疑鄭賢治，但沒找到確切證據，關鍵時刻章少川接到我方潛入敵人內部情報人員送來消息證實了鄭賢治的特務身份，但在抓捕鄭賢治時他持槍反抗，被當場擊斃。
鄭賢治的死在特務內部引起恐慌，他們行動變得更加隱蔽。
一次焦志新和楊柳執行任務去特務聚會地點取情報時，焦志新突然在特務人群中發現了馮秉堃，焦志新不顧出發前上級規定不準打草驚蛇的指示，決心當場抓獲馮秉堃。兩人經過反覆較量，焦志新終於在楊柳幫助下抓住了馮秉堃，焦志新將馮秉堃押送回公安局審訊。未料，章少川得知消息后大怒，命令焦志新立即停止審訊一切等他親自處理。章少川趕來后才向焦志新宣布：馮秉堃是我方打入敵人內部的一下特工。焦志新簡直無法相信當年親手逮捕自己並執行槍決的會是自己同志，章少川告訴他當年憲兵隊已經下達了焦志新如果拒捕就當場擊斃的命令，馮秉堃(周伯勛)才搶先抓到他。馮秉堃是個「百步穿楊」的神槍手，
在執行槍決時故意沒有擊中要害才使焦志新有機會死裡逃生。
焦志新仍然無法相信當初向自己開槍的「敵人」會是自己的同志。尤其對馮秉堃為了取信敵人竟狠心用毒藥葯死林倩如總是耿耿於懷。但馮秉堃告訴他林倩如並沒有死，在他下藥前，組織上已經組織好醫療隊伍，在監視他的特務離開后立即進行搶救，林倩如現在已經安全隱蔽起來，焦志新這才相信所發生的一切。
在章少川和親自策劃下，故意將馮秉堃將轉移到郊區監獄的消息透露給特務組織，侯天柱果然組織了劫車，使馮秉堃又重新打回到特務內部。但蘇小雅對馮秉堃的突然回來表示極大的懷疑。她始終懷疑馮秉堃是共產黨間諜。
敵方故意派馮秉堃去取情報，並將此信息通過無線電發出，通知第二行動組在馮秉堃取到情報后在中山公園後山將其「除掉」。我方在截到敵方電報后緊張安排營救，但焦志新經過認真判斷認為這是敵人故意安排對馮秉堃的考驗，如果我方營救證明馮秉堃的確是「內奸」，而我方已經掌握敵人的密碼。此舉營救恰好上了敵人的當。但其他所有的人都擔心萬一焦志新判斷錯誤，很可能馮秉堃就會因此犧牲。有人甚至懷疑因為馮秉堃是焦志新的情敵所以才故意見死不救，焦志新壓力極大，但在最後一分鐘他果斷下令讓營救小組就地待命。馮秉堃在公園指定地點取到情報后，兩個形跡可疑的人朝馮秉堃走去，他們口袋中鼓出的顯然是槍管。埋伏在四周裝作遊客的公安人員差一點沉不住氣要衝上前，焦志新躲在工具間透過門上的小孔屏住氣緊張地注視著他們，但他咬著牙沒有發出行動信號。所有人都沒敢輕舉妄動。果然此時敵方的負責人正在附近小樓頂上用高倍望遠鏡監視馮秉堃及四周人員的一舉一動。兩個大漢與馮秉堃擦肩而過，馮秉堃沉著地繼續朝前走去，其中一個男人在離開馮秉堃后從大衣口袋裡取出「槍」，原來是只酒瓶。埋伏在周圍的人終於鬆了一口氣，馮秉堃也通過了「考驗」。
蘇雲軒經過搶救脫離危險，但女兒墮落為間諜使他感到極大傷心和自責。蘇小楓也從父親嘴裏得知蘇小雅是殺害史仲良的凶手、也是綁架自己男朋友的罪人，她簡直感到不可思議，她為自己姐姐墜落成為一名敵人而痛苦萬分。
根據「毒蝎」指示，蘇小雅決定將爆炸所用的一部分炸藥藏在教堂里，遭到神父馬約翰的堅決反對，但蘇小雅和特務將馬約翰和助手小啞巴綁架后關在地下室內，炸藥也被堆進了地下室。
林倩如根據組織安排回到四川隱蔽，但當她發現自己已經懷孕后，毅然決定返回北京尋找馮秉堃，但她為了見到馮秉堃被特務發現被綁架。蘇小雅為了再次考驗馮秉堃竟然要求他當場開槍打死林倩如，當馮秉堃在特務的包圍中被迫按動槍機時才發現槍膛里沒有子彈。林倩如被關押在地下室里。
馮秉堃得知敵人把炸藥藏在教堂的消息后，立即趕去教堂營救出馬約翰和小啞巴，但此時國民黨特務也趕來，馬約翰打開地下室暗道的門，幫助馮秉堃撤走，小啞巴為了掩護神父和馮秉堃故意引走特務，結果摔死在山崖下。
馮秉堃趕到公安局報告了炸藥埋藏地點后，立即趕去營救林倩如，但林倩如被特務開槍擊中受了重傷，搶救無效死去。
當焦志新率領公安人員趕到教堂遇到正準備轉移炸藥的蘇小雅，焦志新親自將蘇小雅押上了警車，但在途中蘇小雅卻突然裝作發病逃跑。
蘇雲軒突然收到匿名警告信，威脅他不要參与目前事件，他對照信封上的字跡，發現信紙上散發出特殊的清香，突然意識到秀子可能並沒有死。
蘇雲軒去澡堂附近找到佐藤詢問佐藤自己的女兒是不是被他藏了起來？佐藤說從來沒見過他女兒。蘇雲軒突然提出要求見秀子，佐藤笑了說秀子不是早已經死了嗎？蘇雲軒卻冷冷地警告佐藤，他已經知道秀子沒有死，但他讓佐藤轉告秀子離開自己的女兒遠些，他決不能允許小雅墜落為美國中央情報局的間諜，佐藤裝瘋賣傻似乎一無所知。
當晚，蘇小雅接到通知，「毒蝎」準備接見她，第二天她化了妝趕到白雲寺中見到化妝成道姑的「毒蝎」才發現，原來是母親秀子，秀子在49年的海難中根本沒有上船，她製造了自己已經死亡的假像后，作為美國中央情報局的特派員潛伏下來指揮「黑蟒行動」。秀子把一顆美國製造的定時炸彈交給蘇小雅，並親自給蘇小雅布置了任務，準備在十一天安門遊行時，在遊行隊伍中製造大爆炸。並告訴她萬一失手，她會親自完成這一計劃。
蘇小雅夜裡潛回家中竊走父親上天安門觀禮的觀禮證，但被睡在客廳中的馬約翰發現，馬約翰和蘇小楓追蹤蘇小雅到了中山公園。焦志新和馮秉堃在接到蘇小楓報告后趕到中山公園。馬約翰首先發現了蘇小雅的行蹤，他攔住蘇小雅勸她懸崖勒馬，但蘇小雅卻把尖刀刺進了馬約翰的胸口。當蘇小雅把槍口對準企圖制止自己的蘇小楓的時候，焦志新及時趕到第二次親手將蘇小雅抓獲。
蘇小雅被捕后拒不交代炸藥藏在哪裡，但馮秉堃和焦志新從彩車中找到那顆定時炸彈，
但他們發現這一枚定時炸彈是十分先進的進口炸彈，短時間內根本無法拆除，炸彈將在國慶十點鐘爆炸，此時天即將亮，離爆炸只有三個小時。焦志新當機立斷決定將炸藥裝上車，自己開車將炸藥運送到離開北京到最遠處荒郊爆炸，但此種炸彈引線十分精細，車輛在顛簸途中一旦脫落隨時可能將炸彈引爆。為了保證北京人民歡慶國慶節焦志新不顧楊柳筆其他人的攔阻發動裝著炸藥的吉普朝郊野開去。
馬約翰從昏迷中醒來找到馮秉堃說蘇小雅親口對她說，即使她失敗還有第二方案，馮秉堃突然想起蘇雲軒曾報告過秀子還活著懷疑。馮秉堃和蘇小楓趕回她家，找蘇雲軒拿到秀子像片，趕往白雲寺。
蘇雲軒在蘇小楓的陪同下最後見了一面，但蘇小雅死不悔改的囂張氣焰使蘇雲軒忍無可忍狠狠打了女兒一記耳光后離去，但就在這時他突然醒悟到，曾經在澡堂里見到過的老女人就是秀子化妝裝扮的。他立即向剛剛扔完炸藥趕回公安局的焦志新報告。
同時，馮秉堃也在白雲寺里發現了秀子扔下化妝成澡堂老婦的服裝后趕往位於天安門西側南池子的「為民澡堂」。
當馮秉堃和焦志新幾乎同時趕到「為民澡堂」，經過一場激戰將特務擊斃后衝進浴池才發現水池的水放干，池內里已經堆放了一大堆炸藥。整個澡堂已經成了一個炸藥庫……。
焦志新、馮秉堃、楊柳和其他公安人員破門而入，舉槍對準秀子。
焦志新和公安人員準備上剪抓秀子時，身穿和服的秀子突然鬆開外套，原來她在身上已經綁滿了炸藥和雷管。如果公安人員上前一步，她立即引爆，而一旦引爆就會引起池子里堆放的大堆炸藥爆炸。到時候不僅牆外的工人文化宮將被炸毀，連天安門城樓都可能被炸塌。所有的人都愣住了。雙方僵持——
窗外傳來毛主席和中央領導上登上天安門城樓開始閱兵的實況轉播聲……。
秀子提出：必須立即釋放她的女兒蘇小雅，如果二十分鐘之內不能見到她女兒，她就引爆炸彈……
這在這時，聽說母親還活著，剛剛趕來的小女兒蘇小楓從人群背後慢慢走上前，她痛苦地喊了一聲「媽媽……」
秀子聽到蘇小楓的聲音一愣，她轉過身時，下意識鬆了鬆手，就在這時一聲槍響。秀子被擊斃在地……。
「雷霆行動」勝利完成，公安局舉行慶功宴會，馮秉堃開獨自一人開車到墓地探望林倩如。
馮秉堃終於重新穿上了軍裝，但他接到通知立即去公安局，向章少川副局長報到。章少川給他看了一份上級的「密令」，組織上決定讓馮秉堃重新打入西南邊境的國民黨殘餘部隊之中.
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