Stargate: Atlantis Season 2(2005)的海報和劇照
Stargate: Atlantis Season 2于2005年上映。Stargate: Atlantis Season 2也被叫做星際之門：亞特蘭帝斯第2季, 星際之門：亞特蘭帝斯第二季。
2.01 "The Siege, Part 3" 包圍（下）
Daedalus帶來ZPM啟動Atlantis的護盾抵禦Wraith的進攻，但他們發現實在不夠抵抗如此多的艦隊。緊急關頭他們利用一個核爆詭計領Wraith相信城市已經被毀滅。Atlantis在未來一段時間將獲得安全。
2.02 "The Intruder" 入侵者
當探險隊計劃回到地球時發現Daedalus感染了一種Wraith電腦病毒，該病毒把Daedalus引向Wraith領地併發送地球的坐標。McKay要清除船上電腦內存並重啟以消除病毒，同時Sheppard帶領小隊奪取被感染的F302以徹底消滅殘留病毒。
2.03 "Runner" 逃亡者
Sheppard小隊試圖尋找Ford中尉，他們去到一個星球發現Ford正以殺死Wraith奪取酶為生。同時他們發現一個被Wraith追逐的人Ronon Dex。Beckett醫生幫他解除了Wraith追蹤器，他們發現他的星球已經被毀滅，他無家可歸了。另一方面Ford不肯回到Atlantis而依靠Dart的光束逃走。
2.04 "Duet" 二重奏
Cadman和McKay被吸入Dart的內存里，當Zelenka把其中一個釋放出來時發現是McKay的身體但卻是Cadman的意識，然後好不容易才解決了這個問題。與此同時Sheppard開始幫助Ronon適應Atlantis的生活。
2.05 "Condemned" 責難
Atlantis發現一個星球Olesia和Wraith有著安穩的關係，原來他們提供一群「有罪的人」在島上給Wraith餵食以換取和平。Jumper在回城途中被島中居民俘虜並驅使他們打開星門以逃離這個星球。最後眾人平安回到Atlantis，而和Wraith交易的Olesia高官Marin看見一部Cruiser正緩慢朝他飛來。
2.06 "Trinity" 三位一體
Atlantis造訪了一個和古人有著良好關係的行星Doranda並發現一個古人前哨站，McKay說服Weir讓他們回去研究這種武器裝置。另一邊，Ronon和Teyla去Belka行星做農作物貿易，Ronon發現他並不是唯一被Wraith追逐的人，同時他殺死了一個仇人。McKay的研究過了火，武器不受控制地發射而毀滅了星球所在子星系，他們依靠Daedalus逃回了Atlantis。
2.07 "Instinct" 本性
探險小隊發現一名Wraith小孩Ellia被一個人類所撫養還藏在一個小村莊中。Beckett醫生打算利用這次機會測試Wraith逆轉錄酶病毒的效果。村莊的人想殺死Ellia，而居然發現原來該人類自願給她吸食。她儘管偷服了一瓶逆轉錄酶病毒樣本，但仍脫離不了Wraith的本性。最後Ellia逃離了村莊但最終被Ronon擊倒。
2.08 "Conversion" 轉化
Sheppard由於被Ellia咬了一口，身體漸漸往Wraith方向轉化，Caldwell暫時代替他的職務。科學家們認為只有用iratus蟲子為本源製造的藥物才有可能使Sheppard複原，Beckett組織小隊前往iratus的星球取所需材料但無功而返。最後Sheppard在使用抑製劑的情況下自己獨闖蟲洞取得所需，從而治好了自己。
2.09 "Aurora" 歐若拉
小隊發現一艘古人的大艦Aurora漂泊在星系的邊緣，而船員全部生存處於冬眠狀態。Sheppard加入了他們的虛擬世界和他們交流以學習打敗Wraith的方法，卻發現他們對自己的情況一無所知。同時Teyla發現一個Wraith也混入其中。該名Wraith吸引了兩艘巡洋艦前來，緊急關頭McKay進入虛擬世界和Sheppard識破該Wraith，當他們回到Atlantis后，該古人飛船自毀同時消滅了兩艘巡洋艦。
2.10 "The Lost Boys" 不知所終
小隊被Ford俘虜，他現在正帶領著一群同樣服用酶的人對抗Wraith，還建議小隊服用酶以獲得更強的能力。他們要McKay修好Dart，然後留下他，而拉上Sheppard一行去一艘Hive執行死亡任務。但很不幸被Wraith捕獲了。
2.11 "The Hive" 母巢
Sheppard和Ford一行被Wraith困在Hive里尋求逃脫辦法，而McKay冒險使用酶從而得以回到Atlantis。在一次逃離行動中他們救了一個人類女子Neera，想不到竟是崇拜Wraith一族，為了刺探情報而已。正好這時出現了第二艘Hive，Sheppard利用離間計使兩艘Hive互相攻擊而毀滅，而Ford再次逃離。
2.12 "Epiphany" 啟迪
小隊在一個星球發現古人遺迹的一個怪洞，洞由一種能化結界隔離，裏面的時間比外界快約250倍。Sheppard被困在裏面，其他人回到Atlantis，McKay推測有個ZPM存在。原來裏面是一個村，村民們都是準備升天的人類。Sheppard其實就是幫助他們升天的人，他幫他們擊敗了心中的畏懼——無形的怪獸后他們全都升天而去。
2.13 "Critical Mass" 混亂危機
Atlantis被告知被Turst放置了一個炸彈，原來Goa'uld已經有一個姦細插入了Atlantis中。Weir等人對此展開調查，甚至動用非常手段。最後才發現被Goa'uld侵入的是Caldwell。在緊急關頭他們關閉了被超載的ZPM，避免了被Wraith船隻發現。與此同時Teyla視為祖母的Athosian人Charin去世，Teyla用歌聲為她舉行了葬禮。
2.14 "Grace Under Pressure" 幻覺之美
McKay和Daedalus上的成員Griffin試飛一部修復的Jumper，美想到出了故障掉下深海，Griffin為此犧牲，McKay困在後艙。他在心理壓力越來越大的情況下出現幻覺——Carter出現了並且和他一起尋求解決方法，渡過難關，最終等到了求援。
2.15 "The Tower" 塔
小隊發現一個行星上有一座類似Atlantis城的古人裝置，並被一群人佔據著統治其他居民。他們前去調查果然發現了不少古人的東西，還有武器。Sheppard莫名其妙成為了爭奪國王寶座的繼承人，McKay用盡了ZPM的能量阻止了一場大禍，不過他們補充了不少Drone和Jumper。
2.16 "The Long Goodbye" 長久的再見
小隊發現兩具人體艙，裏面分別有一個外星人。他們不慎激活了裝置，兩個外星人的意識侵入了Weir和Sheppard，開始了他們相互的戰爭。幸好這種佔據是有期限的。在未發生重大變故前Weir兩人恢復了自己的意識。
2.17 "Coup D'etat" 政變
Atlantis又和Genii較上了勁，這次還摻入Genii的政變中。Genii使詭計騙取Atlantis的Jumper來對付Wraith，但其最高指揮官自食其果，被自己研製的核彈所毀滅。Genii從此步入新的時代。
2.18 "Michael" 失憶的中尉
一名失憶的年輕中尉Michael經常被惡夢所困擾。終於他發現自己並不是人類，而是被Beckett醫生髮明的藥物從Wraith轉變而來。他用盡辦法逃走了，並揚言要報告Atlantis未消失的消息給所有Wraith知道。
2.19 "Inferno" 地獄
小隊發現一個文明在研究古人的裝置，卻發現這個裝置下面是一座即將爆發的大型火山。同時，他們也發現了一艘古人大艦Orion。最後在Daedalus等幫助下眾人逃出升天，Orion留在了Atlantis。
2.20 "Allies" 聯盟
由Michael帶領的一群Wraith聯繫Atlantis意圖合作，他們提供Wraith的資料換取Beckett的轉化藥物把其他意見相左的Wraith轉成人類以吸食。Atlantis輕信了他們並幫助他們投放藥物。想不到他們在資料中設置了病毒，該病毒不僅消除了Wraith資料還獲得了地球的坐標。Wraith抓起了Sheppard小隊並使母艦向地球駛去。
