Shin seiki Evangelion Gekij?-ban: Air/Magokoro wo(1997)的海報和劇照
Shin seiki Evangelion Gekij?-ban: Air/Magokoro wo于1997年上映。Shin seiki Evangelion Gekij?-ban: Air/Magokoro wo也被叫做新世紀福音戰士劇場版：Air/真心為你, kimi ni。
未知的年代，神給世人以天罰——第一次浩劫（First
Impact），七日七夜的洪水中只有兩個人乘諾亞方舟活了下來。
1999年，冬月與碇唯在京都大學相識。不久之後，六分儀源堂和冬月相識。當時源堂和唯已經在交往中。源堂一邊接近唯，同時也一邊接觸她背後的組織Seele。
2000年9月13日，第二次浩劫（Second
Impact）發生。在南極大陸上發生了一起給地球帶來巨大浩劫的異變，造成海面水位上升、地軸扭曲。如同恐龍滅絕的傳說，巨大的隕石撞擊地球之後灰塵遮蓋天空，造成全球性氣溫下降。經濟崩壞、民族紛爭、內戰……，世界人口急速減少，只剩下原來的一半。南極，成為了寧靜的殘亡地域。人類，並未象恐龍那樣滅絕，但復興的工作，卻無比嚴峻。
2001年，碇真嗣誕生，並且，所有EVA的駕駛員亦在這一年出生。
2002年，源堂和冬月為了調查第二次浩劫的起因前往南極。國聯正式發表公告，稱2000年9月13
日的世界規模的大災害，是由於有超光速數倍的大質量隕石，衝擊南極大陸所引致，其破害性相當於40億年前的地球與小行星的撞擊。但對於造成第二次浩劫的原因，卻無人知曉。現實畢竟難以掩蓋，在專家圈內，流傳著一些保留下來的照片，在衝擊造成的光影中，有一個巨人般的影像。也有在南極等地的倖存者稱，在衝擊波浪的中心，有數對巨大的翅膀。因第二次浩劫受到驚嚇而陷入自閉狀態的美里，被國聯保護。
2003年，國聯完成了對南極的調查，根據調查結果設立了位於箱根的人工進化研究所。冬月首次探訪人工進化研究所，之後開始協助源堂。在人工進化研究所的地下有個廣大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用這個空洞而建造。此時，E計劃始動，零號機也開始建造了。
2004年，進行了EVA啟動實驗，在幼小的真嗣面前，發生了事故，真嗣的母親唯在實驗中消失，拯救計劃失敗。自從唯的事件以後，沒多久，源堂決定轉移實行《人類補完計劃》（在這之前的他們，其目的只是實行E計劃而已）。
2005年，美里和律子在長野縣第2新東京市的第2東京大學內相識，之後加持和美里相識。沒多久，加持和美里開始同居。在地下庹洞的上方，第3新東京市開始建設。
2007年，美里和加持分手。
2008年，赤木博士完成了MAGI的基礎理論。跟隨著母親尚子，律子加入研究所，成為主要執行人。
2009年，葛城美里加入研究所。
2010年，NERV的中樞電腦MAGI完成的當日，開發者赤木尚子在掐死第一個綾波麗后自殺。人工進化研究所經過改編，成為了新的秘密組織NERV。
2012年，在參拜母親的陵墓時，真嗣在其父的面前逃離出走。自此以後一直到2015年真嗣都未曾和源堂見過一面。
2014年，第二個綾波麗轉學進入第3
新東京市地壹中學校內。
2015年，使徒襲來！從第二次浩后經過了15年，人類總算能重新繁榮來。EVA已有3台可以實際使用了，而後也發現了三位14歲的少男少女可以擔任EVA的駕駛員，人們不得不把未來的希望寄望在他們身上。面對重現的使徒們，肩上背負著人類存亡如此重大命運的少年們的戰爭現在開始了。
偶爾在網上看了這個文章后，終於搞懂了EVA到底在講什麼。決定有必要讓大家分享。文章太長，要有一定的耐心，但看了之後你可以自豪的告訴別人你知道EVA到底說的是什麼，所以值得你花耐心去看。
在地球的洪荒時代，天地精氣孕集，陰陽交融，有名而自無名始，兩儀生四象，四象生八卦......打住！反正經過複雜到沒人說得清楚的物理化學反應后，地球上開始生長生命之樹，一級一級地產生各種各樣的生物，擴散於地球的陸地、海洋與天空，使天地之間充滿了生機。終於有一天生命之樹生長到了最頂點，陽氣精華與陰氣精華各自凝結成為Adam（亞當）與Lilith（利利斯），Adam是雄體而Lilith是雌體的最高形式生物。在他們「禁斷的融合」后Lilith產生了一個「Lilith之卵即黑之月」，從中進而產生了十八個使徒，其中十七個獲得了生命之果。不知是不是因為生命之樹上生命之果只長著十七個，第十八使徒只能將就獲得了智慧之果，因此A.T.Field的力量微弱，不足以維持一個總形態，只能分化瓦解以不同的形態存在著，這就是——人類。生命之樹從此也不再存在，但生命之樹中的「光和水」，即能量與傳輸物質，構成了人類的靈魂。最後生命之樹只剩下一點點沒爛掉的根根須
須，成為後世所稱的郎基奴斯長槍。Adam、Lilith及二到十七號使徒均進入了休眠狀態，而仍處蒙昧的人類則各奔前程，其中有一些智者還知道曾經發生過的事情，這些事情被作為傳說寫進了死海文書，或許還被寫進了山海經也說不定的.......
時光飛馳，當年的第十八使徒——人類，足跡已經遍步地球，憑藉智慧發展出高度發達的文明，並以世界的主人自居。然而「心的屏障」使人與人之間產生隔閡，心靈中充滿冷漠與悲哀，孤寂感迫使人類開始尋找新的生存之道......公元1947年，在約旦溪谷的洞窟中，一些吉普賽人偶然發現了死海文書，震驚了考古學界。其破譯工作持續了很多年，終於取得成功。其記載內容令人震驚，不但指出人類與使徒的起源，還指出將來某一時刻由Adam與Lilith所生的必將歸還本體，重新生長出生命之樹併產生新形態的生命體。在這一過程中，人類和使徒，哪一方控制Adam是至關重要的，因為遺傳因子都從Adam而出（所以Adam也稱作第一使徒、最初的人），控制Adam的一方回歸Lilith之卵后，便可以成為新生命形態，或者說就是成為神，而失敗的一方只有死亡（贏的一方儘管也得死但靈魂得到拯救呵呵）。因此在這個約定時刻到來之前，使徒一定會蘇醒來與人類為敵，人類要順利完成回歸就必須在此之前消滅全部使徒。
為此目的，秘密組織Seele成立了，它的德文意思是靈魂，以基路議長為首，制訂了人類補完計劃的劇本，或稱時間表，其下屬執行機構為GEHIRUN（意為大腦），以後改稱為NERV（意為神經）。Seele在全世界招收研究人員，其中有一名是在日本京都大學從事研究工作的女學生碇唯，在1999年她所寫的研究報告引起了形而上生物學教授冬月的注意。同時注意她的還有一心要往上爬的六分儀源度，只用了幾個月時間他就把唯泡到手，並由此也進入了Seele組織成為第十三位成員（這個數字註定他是背叛的猶大）。隨著研究的深入，Seele在2000年向南極派遣了葛城考察隊，但其中只有源度一人知道考察的最終目的.......
上帝說，我會回來的，當我回來時，我要毀滅這個世界！
挪亞遵從上帝的旨意建造了方舟，使地球上的生命從大洪水中存活了下來。這次大洪水是上帝的懲罰，被稱為第一次衝擊。從考古學的角度來說，遠古確實有過一次毀滅了世界上大部分人口和許多史前文明的大洪水，並留存於世界上各個民族的傳說中。
公元2000年8月，葛城考察隊到達南極，他們發現的巨大人形生命體，實際上是Adam與Lilith的融合體。葛城的計劃是攫取或控制Adam與Lilith的S^2機關，將Adam與Lilith分離並縮小後用於人類未來的補完計劃。但是有件事他不知道，Adam與Lilith無論是融合還是分離都會釋放巨大的爆炸能量和反ATField力，這就與核聚變與核裂變都會產生大爆炸與衝擊波的原理一樣，只是爆炸當量不同。所以儘管Adam與Lilith分離所造成的災難不會滅亡全部人類，但卻將殺死地球上的一半人口。而十六年後的第三次衝擊是Adam與Lilith的重新融合，整個世界都將再劫難逃了。
一無所知的葛城繼續他的分離實驗，甚至將自己的女兒也帶在身邊。九月十二日，得到Seele指示的碇源渡攜帶資料離開南極，第二天實驗便以一場大爆炸告終。強大的反ATField力喚醒了第二使徒，即那張模糊的照片上發出白光的巨人，它張開的巨大翅膀覆蓋了整個南半球，魔鬼般的咆哮聲中南極化為一片血海，巨大的海嘯數小時內就淹沒了大片陸地，使數以億計的人喪生。在這場末日災難中，只有葛城美理被其父親奮力解救逃脫，碇源渡隨後返回南極順便救起了她。但碇源渡的主要目的是回收Adam、Lilith、第二使徒，只有朗基奴斯槍被留了下來（患上失語症的葛城美理被關在一艘南極考察船上近兩年，似乎回收工作持續時間很長）。第二次衝擊引起的連鎖災難直到2002年才漸趨平靜下來。地球上的氣候也變得怪異，如日本就變成全年皆夏，無論何時都聽到蟬的叫聲，這恐怕是因為地軸偏轉的緣故。
Seele從死海文書中知道第二次衝擊喚醒的不光是第二使徒，實際上所有使徒都已蘇醒，只是它們還需要一段時間來積蓄能量（第二使徒就是因為能量不足而被制服）。Seele經過調查還發現，衝擊發生那一天有一個孩子誕生時有奇怪的現象伴隨發生，這個孩子的名字叫做渚薰，於是連忙將他監控起來。這個孩子儘管被教育成非常有修養有魅力的人，但是他時時刻刻都沒有忘記自己的真實身份與誕生目的，那是他自由與死亡的宿命..........
亞當問上帝，為什麼世間萬物獨有我如此孤獨？於是上帝取他的肋骨製造了夏娃。
公元1997年2月23日，生物進化史上第一隻體細胞無性克隆哺乳動物多莉羊誕生。
人類對自己手中擁有了神的力量感到害怕，但也有人喊出了踢翻上帝寶座的誓言：
God's
in
his
heaven,all
rights
with
the
world！——Seele座右銘
公元2004年，三歲的碇真嗣被帶到位於箱根的人工進化研究所（GEHIRUN的對外名稱）地下第二實驗場，親眼目睹了自己的母親在初號機中化為次量子狀態（同
