RahXephon于2002年上映。RahXephon也被叫做翼神傳說 。

1989年，MU的使者QUON和MAYA出現在人類世界。隨後兩人分別被巴貝母財團和六道博士收養。MAYA長大成人後MU族身份覺醒，與巴貝母取得聯繫，得知2012年世界滅亡的真相以及巴貝母準備用久遠喚醒翼神來創造世界的計劃。MAYA前往東京並秘密為MU族的到來做準備。1998年，巴貝母財團以防不測的克隆人計劃完成，綾人誕生並隨後由MAYA收養，此時MAYA改名神名麻彌。2012年，綾人歲隨名義上的養父，后TERRA高官亘理士郎參加了由六道博士發起的MU遺迹發掘工作，並認識了遠親家的女兒美嶼遙。初戀中的二人很快因為MU戰爭的爆發而分開。被MU留在東京木星培養的綾人洗去了所有記憶，唯獨在記憶深處留下了對初戀情人的思念。東京時間2015年，世界時2027年，綾人達到適格奏者的年齡，並在TERRA的軍事行動中被改姓紫東的美嶼遙帶到了外面的世界。然而記憶被改寫的綾人已經無法認出眼前的這位女性就是當年的初戀情人。而木星內外時間的差距，使得綾人還是保持著17歲，遙卻已經29歲了。經過一系列事件。綾人終於獲知新的夥伴們並沒有接受他，因為他是個MU。憤怒的綾人帶著希望回到MU的久遠回到了木星。然而殘酷的現實讓已經了解真相的綾人痛苦萬分。是回到真實的世界欺騙自己，還是留在母親為自己製造的玩具里被人欺騙，綾人在遇到浩子後作出最後的選擇——逃避。
即使選擇逃避的生活，DOLEM的出現還是打破了綾人和浩子的平靜生活。綾人終於了解自己該做什麼，自身的存在有什麼價值。不管繼續作為MU被人恥笑還是自己刻意去拒絕了解自己這個事實，都是行不通的，綾人決定做一個真正的自己，去保護自己要保護的人，去愛自己所愛的人。然而下定決心的他卻殺死了他想保護的浩子。回到TERRA的綾人受到嚴厲處分。這時只有遙依然對他關心備至。而伊修托利也不斷指引他，最終綾人知道了自己的使命並欣然接受伊修托利的要求。同化前，綾人終於對深愛自己的遙表白，儘管他最後還是不知道紫東就是那個他深深思念和愛著的美嶼。
創世的代價是無數生命的湮滅。同化后喪失意識的綾人和久遠為了爭奪世界的主導權而惡鬥著。遙為了表達自己的心意死在綾人的翼神手上。遊盪于精神世界的綾人終於明白，沒有遙的世界是他難以接受的，極度渴望創造一個屬於他自己世界的綾人重新掌握了翼神的控制權並擊敗久遠，世界按照綾人的意願被調和，誕生的新世界是屬於綾人和遙的世界。

出演RahXephon的明星有下野紘, 坂本真綾。