雙面女間諜第二季(2002)的海報和劇照
雙面女間諜第二季于2002年上映。雙面女間諜第二季也被叫做雙面女間諜第2季, Alias Season 2。
第一集：母女成仇（The Enemy Walks In）
西德妮向一名CIA精神病學家敘述了她最近的任務：在台北某地她被縛在一張椅子上，Khasinau介紹給她的「男人"，其實就是她的母親Irina Derevko。Irina說自己本該一生下西德妮就把她弄死，並開槍打傷了她的肩膀，然後離去。西德妮在水閥上撞壞椅子得以逃生。
傑克救出了遭受毒打的威爾，西德妮與他會面講述了經歷，父女兩人把他們的秘密和SD-6的真相告訴了受盡驚嚇的威爾。傑克導演了一場戲，他告訴斯隆，是他向西德妮發出了「自由記者"信號，因為他不相信斯隆所說威爾的被綁架會讓他們找到Khasinau。現在Khasinau的組織已被摧毀，傑克向斯隆表達忠誠，並說服他饒了威爾。迪克松也為自己的懷疑向西德妮道了歉。
斯隆派西德妮以Le Petite Rose的假名前往法國，在Khasinau的同黨Jean Luc Rave辦公室里安放電話竊聽器，他還是法國國家集團的成員。西德妮把馬歇爾的竊聽器交給了特工威斯，他在上面動了手腳，可以延遲SD-6竊聽到通話內容。
第二集：信任危機（Trust Me）
在Kendall的看管下，Irina被縛著送進了洛杉磯一處秘密手術室內。西德妮希望母親為所作所為去死，但傑克懷疑Irina其實對西德妮真心實意。西德妮告訴沃恩她相信愛米莉是被斯隆所害。
已經成為12聯盟正式成員的斯隆接受注射了一種神秘藥劑。後來，他向西德妮承認，聯盟知道Khasinau已經死了，並且相信Irina躲藏起來。他派西德妮去找一張電腦磁碟，裡面包含有Irina用來敲詐的情報。碟盤存放在拉巴特酒店客房的一個保險箱中。西德妮的另一層任務就是要把碟盤交給拉巴特大使館的秘密特工Richard Schmidt，他會偽造出一張假碟讓西德妮交去SD-6，沃恩又說，西德妮也許可以問母親碟片中的內容，但她拒絕了。
沃恩受到Kendall的壓力，去和不合作的Irina談話。沃恩提到西德妮的拉巴特任務時，她屈服了，說出西德妮在打開保險箱前必須先拉掉火警警鈴。雖然不知她的話是真是假，沃恩還是迅速聯絡到了西德妮。後者化裝成義大利遊客，正準備打開保險箱，但她不願聽從指令，沒有先拉警鈴，結果拿取碟盤時警報響起，設法逃脫的她未能把碟片交給Schmid。
第三集：密碼（Cipher）
西德妮得知，自己偷回的T波相機只是模型，亞洲空間代理處和他們的主顧Sark將製造出真正的相機。這種相機可以在斯里蘭卡的一個地方穿透穿透固體屏障拍到100米遠的地方。她的任務是給相機接入線路，這樣SD-6就可以收到圖像。中情局內，Kendall要西德妮和Irina談話，因為Sark控制了她的組織，她一定知道他在找什麼。同時，傑克告訴CIA精神專家，他不想讓西德妮與Irina接近。
Irina告訴西德妮Sark在找尋Rambaldi設計的音樂盒，樂曲中蘊含著0點能源的數字方程式。西德妮斷然拒絕與Irina談論她的童年往事。傑克警告西德妮要當心Irina，但表示相信她的判斷。
馬歇爾給西德妮一個偽裝成手提箱的水壓撬，承受喪妻之痛的斯隆把愛米莉的種子箱交給了她。另外，沃恩給了她一塊電路板用來裝在相機上，他建議她找威爾幫忙，因為威爾一直與弗蘭茜關在一起，可能會記得Sark啟動音樂盒時的密碼。
幾人碰面后，威爾驚訝地得知沃恩這麼年輕，並對他了解這麼多他們的生活心生嫉妒。
第四集：致命血清（Dead Drop）
西德妮在水裡掙扎著，從淹死的警衛身上摘下槍，隔著冰開了火，迪克松把她拽了出來。回到SD-6，她告訴斯隆，儘管Sark帶走了音樂盒，但它已經遭到損壞。斯隆想知道Rambaldi為什麼要把它放在冰里。
在CIA，Kendall拒絕了傑克送走Irina的要求。遇到西德妮后，傑克表示自己擔心她們對話中流露出來的感情，他提醒說她內心想要一個母親。
斯隆告訴傑克他接到了B&B打來的一個神秘電話，已派迪克松前去調查。SD-6從SarkFalkland島上的保險庫里拿到了音樂盒，他們發現一個名叫Klaus Richter的男子，因為接受了Sark注射的血清而病情嚴重。傑克訊問了Richter 后得知，他畫了一張地圖讓Irina去尋找他藏在一個度假地的《聖經》，地圖則藏在莫斯科軍事圖書館里第一版《戰爭與和平》的書中。
為了阻止西德妮去見Irina，傑克給了她一張假地圖，以便把SD-6引去Sunken森林。西德妮表示自己想從Irina那裡得到足以令SD-6垮台的情報，從而結束自己的間諜生涯。
第五集：秘密武器（The Indicator）
西德妮在CIA陪審團面前作證，稱傑克把她從Irina設下的陷阱中救了出來，在空無一人的房間里，她找到了Irina的耳環。
維也納，SD-6在奧地利的聯絡人Neils Haber被Triad殺害，這是一個毒品和賣淫組織，現在開始從事販賣軍火。Haber稱，Triad正在開發16個「下一代"武器，藏在布達佩斯的一個防彈工事中。西德妮奉SD-6之命拍下武器的照片，並弄到說明。沃恩不贊成再派傑克執行雙重任務，他認為在馬達加斯加的任務中傑克幫了Irina的忙，這讓西德妮十分氣憤。
弗蘭茜的餐館開張，傑克給西德妮布置了雙重使命，侵入電腦為CIA偷取文件，同時為SD-6下載假文件。他告訴西德妮，Irina因為違背了與CIA的協議，面臨死亡的懲處。一名美國公民Manolo Souza因為運送爆炸物在馬達加斯加被捕，沃恩與他談話，Souza告訴他自己為傑克工作，這證實了沃恩的懷疑。
布達佩思，頭戴金色假髮，戴著太陽鏡的西德妮，混進了治官大樓，成功地下載了文件。但是迪克松領她進入防彈工事後，她才發現一個男人正在教授一群孩子如何裝配槍枝，原來秘密武器就是這些孩子。
第六集：救母（Salvation）
Irina受審的日子臨近，斯隆告知西德妮，Richter感染的是Sark研製的類似埃博拉的病毒。Sark正在日內瓦的私人醫院，研究三位受感染病人的病情。傑克和西德妮要喬裝成富有的南方病人和女兒，混進醫院了解他的研究內容。
傑克向西德妮解釋說自己不想讓她成為間諜，用聖誕方案對她進行測試只是為了讓她在危險環境中能夠堅強起來，但是斯隆比他快了一步，西德妮對此將信將疑。
Irina承認有罪，被判處三天內執行死刑，西德妮大為憤慨，為了取消對Irina的處決，她給Devlin寫信，聲稱傑克欺騙了CIA。沃恩向Devlin解釋說，他發現了蘇聯80年代起開始了與美國一樣的標準測試，他認為是Irina從傑克那裡偷到研究，在美國可能有蘇聯的恐怖小組，Devlin半信半疑。沃恩雇了威爾作為自由記者調查此事。
在飛往日內瓦的飛機上，知道西德妮寫信的傑克說，Irina認罪只是博取她同情的手段。西德妮說生下自己是傑克最大的錯誤，代表他容易上當。父女倆用假名來到醫院，在手術台上傑克制住醫生並下載了調查文件，西德妮從一名垂死病人的身上抽取血樣，那人說出了Irina的名字。
兩人引發爆炸趁亂逃上屋頂的直升機，傑克解釋是Irina命令Sark讓她手下間諜受到感染，用他們做試驗。
第七集：解藥（The Counteragent）
沃恩包起了受傷的手指，來到Irina的牢室，她感謝他為馬達加斯加行動作證。沃恩承認自己病了，他問Irina拿真人做紅球試驗后，Khasinau有什麼發現，Irina反問他是否愛西德妮，沃恩回答說，如果她提供幫助，他會讓西德妮知道。
威爾告訴西德妮1982年的標準測試材料不在公共紀錄中，她解釋了「聖誕計劃"並說沃恩認為，俄國情報組織仍然在用其招募美國特工。
CIA，西德妮聽說沃恩病了，她問Irina是否有解藥，得到回答說愛莎尼亞的Paldiski有一個前蘇聯的核潛水艇水兵訓練基地，但是解藥具有遺傳特效性，所以西德妮必須從沃恩的血液中造出解藥。沃恩入院，醫生說他只能活三天，西德妮抽了他的血樣，和他握手告別，出來的時候碰見了沃恩的女朋友愛麗斯(Alice)。
斯隆向傑克承認，他對自己在12聯盟內的地位沒有安全感，而且必須前往東京向Kristof坦白愛米莉的事。為了找出Derevko的手術基地，他對Richter百般拷問。
第八集：通道：上（Passage Part I）
西德妮私下告訴Sark，如果他膽敢多嘴，自己一定有仇必報。Sark向她保證說為了他自身的安全也一定會保持沉默。西德妮仍不放心，問Irina自己是否要告訴Sark雙重間諜的身份，Irina要她千萬不可以。
SD-6，斯隆向上級報告Sark已經投誠，並以情報為交換條件，求得免罰，他保證Sark不會違反約定，Sark自己也說背叛他們自己得不到好處。
斯隆給西德妮和迪克松布置了新任務：去購買烏茲別克軍隊使用的密碼。鄰國塔吉克的極端分子武裝準備利用密碼發動恐怖襲擊，SD-6想研究他們的行動。從西德妮嘴裏得知這個消息的Irina，堅持要求假釋48小時但拒絕透露去做什麼，因此沒有得到許可。
Sark告訴斯隆，西德妮懷疑他並不是真正自首，鑒於傑克與西德妮的父女關係，他們決定不讓他知道密碼的真正用途。Sark離去，斯隆接到神秘人的電話，要他交出SD-6所有投資帳號，否則就要他為妻子愛米莉的死負責，斯隆不為所動，與之針鋒相對。
西德妮和迪克松在烏茲別克拿到了裝在箱子里的密碼，但是如果沒有箱子主人的指紋確認，開啟時箱子就會爆炸，而箱子的主人--一名烏茲別克士兵已經被暗殺。迪克松化裝成烏茲別克士兵，把西德妮的「屍體"送進了太平間。西德妮找到了那名士兵並獲得他的指紋，然後殺出重圍與迪克松會合。
第九集：通道：下（"Passage Part 2）
CIA總部，沃恩聽說巴基斯坦叛亂武裝（PRF）要伏擊西德妮、傑克和Irina，派遣救援小組可能激怒巴基斯坦當局。更糟的是，沃恩收到備忘錄中說次日核彈頭將被激活。他把這個消息通知了西德妮，她開玩笑說別的家庭去打高爾夫，他們一家卻去找核彈頭。三個人化裝成巴基斯坦人，前往PRF基地。Irina建議最容易的辦法就是從雷區旁邊的一處下水管通進去，傑克將信將疑，但他們別無選擇。
SD-6，Sark告訴斯隆他和PRF的頭子Gerard Cuvee談過，等行動結束后他會把「結果"傳入伺服器。斯隆又接到另一個有關他妻子的神秘電話，那人要求他24小時內匯出1億，否則下個電話將會打給12聯盟。
靠近PRF設施的地方，西德妮一行再次受到襲擊。傑克給了Irina一支槍，三人聯手打退了敵人。傑克掉入地雷陷阱，稍有動靜就會觸發爆炸。在Irina指導下，西德妮拆除了炸彈的引信。
同時，沃恩發現印度已經得知了核武器的事，準備在24小時內向巴基斯坦叛亂武裝發動空襲。
第十集：誘導（The Abduction）
西德妮告訴威爾，如果他接受心理評估測試，Devlin就會支持他繼續調查。弗蘭茜對兩人神秘的樣子感到好奇。Irina向西德妮解釋自己為克格勃工作的原因，併為拋棄女兒深深悔恨，母女倆擁抱在一起，但被警衛拉開。
克什米爾的任務失敗后，斯隆對Sark產生懷疑，Sark宣誓效忠，並稱SD-6內部可能有人泄秘。斯隆派西德妮和Sar一起執行任務。國家安全局（NSA）的Echelon衛星系統，可以過濾掉危害國家安全的指令。Cuvee在巴黎擁有一套終端設備，並將通過武裝護送將其運走。西德妮他們必須偷到終端並帶回SD-6。
CIA，沃恩給西德妮下達了同時的任務，讓她帶上刪除程序輸入終端，當SD-6一打開設備，硬碟就會被清空。沃恩還告訴她，愛麗斯的父親去世了，她表示哀悼。
傑克對Irina說他相信，她和Sark仍然還是一伙人，他提出交換條件，只要她充分解釋自己投誠的原因，他就會重新安排，把她送往Puget的秘密監獄。
第十一集：高級系統（A Higher Echelon）
西德妮向威爾透露了自己的任務，並且相信馬歇爾在CIA保護下很安全。馬歇爾卻落在了Cuvee一個Suit and Glasses組織手裡，受盡拷問，要他說出Echelon 操作系統在哪裡。受到死亡恐嚇的馬歇爾同意憑藉記憶重寫一遍Echelon密碼。
CIA，沃恩告訴西德妮馬歇爾被Cuvee綁架，解救小組正在四處搜尋他，西德妮覺得自己負有責任。而且最大的問題是，馬歇爾被綁架前，已經把Cuvee的Echelon入門程序用e-mail發給了SD-6。
SD-6，斯隆透露，馬歇爾的郵件被破成幾個數據包，通過ISP發往世界各地的SD-6組織。在越南發生錯誤，所以數據包未能傳輸成功。他派西德妮和迪克松去胡志明市找回數據。斯隆裝出關心馬歇爾的樣子，同時與SD-4聯絡，尋找能替代他的人。西德妮的CIA任務是用破壞的文件換下真正的數據。
西德妮告訴CIA，Cuvee可能利用在線的反向工程以獲得軟體。但是想進入Echelon系統需要一個切入點，如果找到的話，就可以阻止Cuvee使用軟體。很不幸他們找不到切入點。沃恩說Irina相信可以找到後門，她的條件是她可以不受限制進入Echelon系統，她說只要滿足她的要求，CIA的技術人員就會發現保安系統如同一盤散沙。Kendall拒絕了她的提議。
第十二集：逃亡（The Getaway）
傑克在黑漆漆的影院和人接頭時遭到突襲，幸虧西德妮趕到營救。他解釋說他被懷疑是敲詐斯隆的人，所以聯盟的特工在追殺他。敲詐內容與愛米莉有關，Kane設計陷害他，而且發現了他的秘密。
SD-6，斯隆交給西德妮一項新任務，找到Triad量子迴轉導彈引導系統。她和迪克松要在半路攔住Carl Shatz，他正是把系統從柏林送往法國東部實驗室的人。沃恩要西德妮得手后，交給SD-6一個有缺陷的系統，同時他也將前往法國攜助她。
斯隆告知傑克，聯盟在他的脖子里植入了一個跟蹤裝置，所以他只能告訴Kane自己來過。斯隆表示他相信傑克，並說出Jacques Breo是死在自己手上的聯盟成員。斯隆認為敲詐的人是想向他復讎。傑克與Irina談起此事，承認需要她精明的頭腦。Irina說他們要搞到Breo所有的資料。Kane向斯隆提出猜測，西德妮可能是雙重間諜。
第十三集：空中搏鬥（Phase One）
在一架豪華舒適的747客機上，西德妮扮成應召女郎，為一個胖男人展示內衣，趁他不備將他鎖喉，逼問出47伺服器的下落後將他打暈，從終端下載了數據文件。她在飛機上找降落傘時，醒來的胖男人向她開了槍……
CIA，沃恩把西德妮拉到一邊，表達了自己對她的感情和擔憂，所以兩人合作不再那麼默契。她表示同意，他們意識到兩人的感情有助於打敗SD-6。Weiss插進來，結束了他們的談話。Kendall透露，斯隆在SD-6的領導位置已經被Anthony Geiger所取代，西德妮和傑克的新任務就是和Anthony套近乎。
SD-6，西德妮向Geiger做了自我介紹，表示忠心，並承認丹尼被殺是自己的錯誤。稍後Sark告訴她很擔心Geiger，因為他查看了47伺服器里斯隆的秘密文件。西德妮告訴傑克，這台神秘的伺服器里可能存有關於12聯盟的關鍵資料，他們可以從中發現聯盟的弱點所在。
沃恩找到了47伺服器所在位置，原來是在一架始終在飛行747飛機上，除了加油時才會降落，看管伺服器的是一個名叫Macor的男子，他正是劇情開始時那個胖男人。作為他「空中飛人"生活的補償，他可以不受限制把應召女郎帶上飛機作樂。西德妮扮成高級妓女，設法混上飛機。
第十四集：雙重間諜（Double Agent）
CIA特工Jim Lennox和搭檔Emma Wallace在床上，她告訴他自己想回斐濟，他同意了。趁Jim去衛生間淋浴的空，Emma趕緊打了一封郵件：「取消行動，Lennox是……"還沒來得及打完內容她就被Jim打倒。Lennox給斯隆打電話說他已經暴露，讓他公開此事。結果Wallace被綁上C-4炸藥，用一輛卡車扔在了柏林的街上。
洛杉磯，沃恩告訴西德妮馬歇爾和迪克松都被責令不得泄密，斯隆現在是國際警察組織的頭號通緝犯。另外他還告訴她自己和愛麗斯分手了。Weiss介紹了Christine Phillips，剛剛畢業的秘密特工，來這裏實習幾個月。特工們一起觀看了Wallace被Lennox炸死的新聞現場。
Kendall告訴屬下，Wallace的任務是獲得科學家Enzo Markovic博士的信任，從而打探出他發明的Helix是不是武器。據信Enzo去了多明尼加Cayo Cancho的一個秘密實驗室。Lennox可能也在那裡或者已經死了。西德妮和沃恩的任務就是弄到情報並且把Lennox帶回來。
沃恩來到住所接西德妮，她把他介紹給弗蘭茜，卻發現她的神情有些奇怪。
第十五集：自由間諜（A Free Agent）
西德妮與沃恩談天時提到自己快畢業了，想退出情報組織。Kendall拒絕了她的辭呈，並補充說作為普通公民的她不能再見到母親。希望女兒脫離CIA的Irina則表示，如果她再留在CIA就不再見她。
Sark在長灘水族館綁架了數學家Neil Caplan一家三口，把他們送往瑞士，在那裡斯隆給Caplan看了Rambaldi手稿，解釋了自己30年來在這上面花費的心血。
西德妮準備畢業時，斯隆打來電話表示祝賀。他承認知道她和傑克是雙重間諜，並且利用他們脫離了12聯盟。他警告西德妮不要壞他的事。CIA，Kendall告訴西德妮，斯隆綁架Caplan是為了利用他從Rambaldi的作品中製造出武器。她意識到打擊邪惡的鬥爭沒有盡頭，開始重新考慮辭職要求。
西德妮告訴迪克松他的罪名洗脫，並請他加入CIA。但是他覺得受到利用，不想再見到她。回到家迪克松向妻子坦白了一切，併發誓以後決不再欺騙她，她表示，如果他進入CIA就會離開他。
第十六集：燃燒彈（Firebomb）
沃恩在銀行地下室解除C-4炸藥，西德妮開著斯隆的車和他離開了銀行，路上她告訴斯隆他是CIA的要犯。得知炸彈被解除后斯隆從車上跳上另一輛卡車，甩掉了西德妮。在CIA，Kendall和西德妮為斯隆爭執起來，誰也不服誰。
沃恩在西德妮家裡接到Weiss的電話，結果發現了藏在牆裡的的竊聽器，錄有先前的對話。在CIA馬歇爾說他在SD-6時就做好了竊聽器，可以定期把內容轉發到接收器，所以被沃恩發現。傑克要馬歇爾通過反向程序找出通話的內容傳給了誰。
瑞士，Caplan的實驗完成，新產品也準備好了，Sark準備對它進行測試。斯隆飛往坎大哈，與帕坦軍閥Ahmad Kabir會面，說服他成為自己邪惡計劃的同謀。
西德妮家中，弗蘭茜想與她好好談談，說她們最近越來越生疏了，但西德妮接到沃恩的電話后很快離去。弗蘭茜意識到竊聽器被發現了，她打電話給Sark，後者指示她在洛杉磯找一個替死鬼，所以她殺了水管工並嫁禍於他。
第十七集：黑色轉變（A Dark Turn）
一架電梯從40樓墜落，裏面的三個人全部身亡。Sark撬開門從其中一人身上搜得錢包，這人是俄羅斯的軍火商，名叫Yuri Karpachev。Kendall告訴傑克Karpachev是Irina的聯絡人之一。
Irina告訴傑克Karpachev的錢包里有保險柜的鑰匙，斯隆相信裏面放有Rambaldi原稿，其實沒有。她說Karpachev 把它賣給了曼谷一個叫Ilya Shtuka的男人。她建議要想拿到手稿要和Shtuka會面，她希望這次會面能引出斯隆，只要他一被捕，西德妮就可以退出CIA了。
西德妮受命和特工分析家Mitchell Yager見面，他正在調查沃恩。沃恩未經同意擅自與外國警探聯繫，還與前克格勃刺客Vladimir Prokrowski晤面。Yager向西德妮施壓，要她檢查沃恩的手提電腦，因為他可能下載了被禁止的解碼程序Xenon。
同時，Kendall猶豫不定，是否讓Irina和斯隆聯絡，傑克表示他會護送她前去，用原稿為餌等斯隆上鉤。傑克讓他放心，並說如果Irina再欺騙他自己知道該怎麼做。馬歇爾在Irina的肩膀里植入了跟蹤裝置。
Irina與Shtuka在曼谷的夜總會接上頭，他告訴自己用手稿換來了在香港的毒品交易權。Irina幹掉了他，傑克護著她殺出重圍，兩人一起飛往香港，設法拿到手稿。
第十八集：真相疑雲（Truth Takes Time）
儘管西德妮抗議連連，沃恩的徽章還是被摘掉，正式接受調查。傑克告訴西德妮Irina逃走且背叛了他們。心碎的西德妮來到Irina住過的牢室，迪克松前來安慰她，她給他看了Irina留下的耳環，並表示寧願她死了。
在斯隆的飛機上，他和Irina討論了他們的計劃，Irina去德國的基因資料庫盜取文件，斯隆則前往托斯卡納與愛米莉會合。斯隆對西德妮的關心激怒了Irina。在托斯卡納，斯隆買下一棟別墅讓愛米莉大為吃驚。
CIA，傑克接受了Kendall的任務，鑒於他對Irina比較熟悉，他被派去執行抓捕她和斯隆。傑克透露，通過Irina身上跟蹤裝置，他們可以在12小時確定她的方位。
在打靶練習時沃恩勸西德妮不要參加這次行動，說她不應該追蹤自己的母親。西德妮要他放心，自己開槍時決不會有任何猶豫。
第十九集：最後階段（Endgame）
迪克松的子彈擊中了愛米莉，他向西德妮道歉，並說他已經提出辭職要求。四處躲藏的斯隆復讎心切，不再對探索Rambaldi感興趣，他告訴Irina只想知道誰殺了他的妻子。
在CIA，因為缺少其他線索，焦慮不安的西德妮向Elsa Caplan提議用催眠術，Elsa憤怒地拒絕了，併為西德妮認為她沒有儘力幫助尋找丈夫Neil而難過。Irina給了Neil一個從1000萬人身上提取的DNA加密資料庫，指望他能找到一個特別的人物。
西德妮在整理情報時注意到，三個打到Caplan家的電話時間很不正常，經過追查，發現是一名與俄國SVR情報組織有牽連的記者Gregory Ivanov，對他進行監視后，西德妮發現他剛剛收到一份傳真，內容是「最後階段"。Elsa承認，Ivanov是她的上司，她嫁給Caplan就是為了監視他。她在他的手臂里植入了氰化物藥丸，傳真的意思說藥丸已被激活，42小時后她的丈夫就會喪命。她告訴西德妮她真的愛上了Caplan。
第二十集：生命倒計時（Countdown）
在Diane的葬禮上，沃恩注意到悲痛的迪克松在偷偷服藥，他告訴西德妮，迪克松應該多休息一段時間再回來工作。
Sark建議斯隆去巴拿馬城，心煩意亂的斯隆拒絕了，但給了他一個號碼，讓他有需要的時候打。斯隆承認殺死Diane是一個錯誤，他準備離開休息一下，讓Sark代為負責。
CIA，馬歇爾介紹了Rambaldi的作品，在他15世紀的繪畫作品中，Rambaldi畫出了一個名叫巴拿人的DNA素描，這個人的DNA正是破解他手稿第94頁上某些災難事件預言的密鑰。其中一樁將於48小時內發生，且與Di Regno有關，西德妮和迪克松受命去巴拿馬城找到他並帶回來。但他們到得太晚，Di Regno已經死了，而且心臟也被人挖走。他們發現他也有一個Rambaldi紋身，西德妮還找到一隻乳膠手套，上面留下的指紋屬於一個名叫Emilio Vargas的殺手。
第二十一集：替身疑雲（Second Double）
弗蘭茜告訴Sark，CIA相信威爾是被人陷害。Irina得知Sark的通知，但她不許弗蘭茜殺掉威爾。弗蘭茜催眠了威爾，燒掉了他視網膜上的第二替身的標記。
傑克懷疑威爾偷走了托斯卡納突襲行動的錄像帶，於是以間諜罪逮捕了他。從威爾的東西里傑克發現了西德妮和沃恩在她住處外調情的數碼錄影。西德妮告訴受驚的威爾，視覺掃描顯示他的眼睛里有蛋白質沉積，從而證明他就是第二替身。對於西德妮的提問，威爾無法作答，因為弗蘭茜選擇性地抹去了他的部分記憶。西德妮認為弗蘭茜需要被保護起來。
在殺死Diane的炸彈引爆器上發現了威爾的指紋，迪克松來到CIA的監禁室審問威爾，憤怒之下險些悶死他。威爾很快被轉送到監獄。Sark要弗蘭茜殺掉威爾，以免身份暴露。
第二十二集：真相大白（The Telling）
在CIA，心情沮喪的西德妮和沃恩交換意見。馬歇爾開始收到絕密情報：Irina實踐了自己的諾言，上傳了替身的DNA。西德妮隨即告訴威爾他的罪名被洗清，因為網上下載的DNA和他不匹配，而是一個Allison Georgia Doren的人。
西德妮在溜冰場上放鬆心情，Irina突然出現要她幫忙。西德妮出手但被Irina制服。Irina透露了自己的全部計劃。斯隆擁有23件Rambaldi的手工藝品，CIA有24件。所有的手工藝品必須合在一起才有效用，所以她向斯隆建議他們聯手打敗12聯盟，並對位於內華達州NSA實驗室的CIA倉庫發動突襲。她想讓西德妮去搶蘇黎世的一個倉庫，斯隆的Rambaldi手工藝品全存在那裡。
Sark和弗蘭茜會面，他以Allison的名字稱呼她，並說他們無法反向運行替身程序，因為Markovic的實驗室被毀了。
威爾經過調查發現Allison Georgia Doren的名字赫然在「聖誕計劃"之列，她被推測還是孩子時就死了，威爾與Doren的雙親聯繫后得知她的屍體沒有經過身份認定。
在蘇黎世，西德妮帶領一組人突襲了倉庫，但是他們沒有找到Rambaldi的手工藝品，箱子里塞滿了廚房用具。
